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接下来的两周,徐辰和刘伟成了实验室里的「黄金搭档」。
徐辰负责设计实验方案,计算加样量和时间点;刘伟则负责具体的湿实验操作。
刘伟不愧是博五的「资深科研狗」,操作手法娴熟无比。
「质粒构建,Gibson组装体系,50度反应15分钟。」刘伟一边念叨着,一边用移液枪精准地吸取微量的DNA片段。他的手很稳,枪头悬停在离液面0.1毫米的地方,轻轻一压,液体便如丝般滑入。
「转化感受态细胞,冰浴30分钟,42度热激90秒,复苏1小时。」
……
然而,实验并不总是一帆风顺的。
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第三天,第一批转化结果出来了。
「徐神,情况不对。」刘伟拿着培养皿,眉头紧锁,「这批菌落长得太慢了。按照你的设计,我们用的是弱启动子来压低PFK的表达量。但是现在看来,压得太狠了,菌体好像……快饿死了。」
徐辰接过培养皿,对着光看了看。确实,上面的菌落细小如针尖,几乎看不见。
「不应该啊。」徐辰调出模型数据,「根据奇异摄动理论的计算,35%的活性是临界点。只要高于这个值,糖酵解通量应该能维持基本的生存需求。」
「除非……」徐辰的目光突然变得锐利,「除非我们忽略了什麽。」
他迅速打开电脑,重新检查了一遍那个庞大的微分方程组。
几分钟后,他猛地一拍大腿。
「大意了!我忽略了『渗漏表达』!」
徐辰指着屏幕上的一行参数,有些懊恼地说道:「我用的这个启动子,虽然理论强度是弱的,但在大肠杆菌的实际环境中,它会有一定的基础渗漏。也就是说,即使我不加诱导剂,它也会偷偷地表达一点点酶。」
「而在我的模型里,我假设它是完美的开关。这就导致实际的酶活性比我计算的要高,反而触发了细胞的负反馈调节,把整个通路给锁死了。」
徐辰在心里狠狠地吐槽了自己一句:这就是数学家的傲慢啊。总以为世界是完美的球体,结果现实却是个坑坑洼洼的土豆。生物系统里的噪音,有时候比信号还大。
「那怎麽办?重做?换个更严谨的启动子?」刘伟问道,手里已经准备去拿废液缸了。
「不,不用重做。」徐辰抬手拦住了他,眼神中闪过一丝疯狂的数据流,「既然它喜欢渗漏,那我们就把渗漏也算进去。给我十分钟,我修正一下边界条件。」
徐辰的手指在键盘上飞舞,屏幕上的代码如瀑布般流下。他并没有推翻模型,而是引入了一个「噪音项」,将那个不可控的渗漏表达量,强行纳入了微分方程的解空间。
「既然关不紧水龙头,那就计算水滴漏下的频率,然后……利用它。」
十分钟后,回车键敲响。一个新的数值跳了出来。
「老刘,把诱导剂IPTG的浓度,从0.1mM降到0.005mM。我们做一点『微调』,一点一点地把它的活性逼到那个临界点上。」
「0.005mM?」刘伟瞪大了眼睛,差点以为自己听错了,「这也太低了吧?这跟没加有什麽区别?这完全是顺势疗法的浓度啊!这能行吗?」
「如果不信数学,我们还有别的选择吗?」徐辰反问道,目光灼灼,「如果不靠计算,让你凭经验去试,你会试0.005这个浓度吗?」
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