回到魔法学院后，平静的日子没过多久，新的麻烦又接踵而至。学院里的魔法藏书阁频繁发生失窃事件，一些珍贵的魔法秘籍和古老的魔法宝物不翼而飞。
王琪立刻组织学生们展开调查。在调查过程中，他们发现了一些奇怪的魔法痕迹，这些痕迹指向了一个神秘的组织。这个组织似乎在暗中收集强大的魔法物品，企图颠覆魔法世界的秩序。
王琪和学生们顺藤摸瓜，逐渐揭开了这个神秘组织的面纱。原来，这个组织的首领是一位曾经被魔法学院驱逐的邪恶魔法师，他对魔法学院怀恨在心，企图利用收集到的魔法物品来报复。
为了阻止他的阴谋，王琪和学生们精心策划了一场行动。他们深入敌人的巢穴，与邪恶魔法师及其手下展开了一场惊心动魄的魔法大战。
战斗中，邪恶魔法师施展出各种阴险的魔法招式，试图击败王琪他们。但王琪和学生们凭借着坚定的信念和精湛的魔法技艺，始终顽强抵抗。
最终，在关键时刻，王琪找到了邪恶魔法师的魔法破绽，学生们趁机发起猛烈攻击。邪恶魔法师被击败，神秘组织也随之瓦解，魔法学院的危机得以解除。
然而，王琪和学生们清楚，未来还会有更多的挑战等待着他们，而他们也将一如既往，为守护魔法世界的和平与安宁而战斗。