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第200章35%(感谢牛津面的盟主!)(第1/2页)
学校的实验室条件没那麽好。
空调老化,地方不大,房间里人也有点多。
条件算是艰苦吧,大家却一点不觉得累,一个个热血沸腾的,就想着快点把这个项目做出来。
陈浩上次这麽有动力的时候还是在大二夏天,跟老江去参加网吧举办的CS1.6网吧赛0
时过境迁。
曾经的M4网瘾少年,现在已经变成使用移液枪的高手了。
蔡卓群将无酶水吸出,打入离心管底部,反覆吹打。
王晓晴观察片刻後说:「测一下吧。」
蔡卓群点点头,拔下枪头,拿着样本走到NanoDrop分光光度计前。
用移液枪吸取了1微升样本,滴在检测基座上,放下检测臂,在连接的旧桌上型电脑上点击了测量。
屏幕上很快跳出了数据。
陆晓林停下了手里的活,转头问道:「多少?」
蔡卓群:「浓度12ng/ul,A260/280比值是1.32,A260/230比值是0.7。
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王晓晴盯着屏幕看了一会儿,有点无奈:「这已经是第四批废样了————」
项目的难度远远超出除江河外所有人的预期。
虽然之前江河用加入DMSO的方法,解决了PCR扩增阶段引物二聚体的问题。
但解决了一个问题,接下来还会出现更多的问题——
现在的瓶颈,卡在了提取上。
miRNA在血液中的含量极低,且非常容易被血液中的RNA酶降解。
纯度不够。
A260/280的比值正常应该在1.8到2.0之间,低於1.8就意味着样本中存在大量的蛋白质污染。
而A260/230比值只有0.7,更是说明里面混了大量的酚类物质或者盐离子。
用这种样本去做下一步的逆转录,杂质会让逆转录酶失活,後面的PCR扩增根本跑不出真实数据。
蔡卓群试图寻找原因:「王教授,是不是氯仿的用量不够?我们在取上清液的时候,可能还是带入了一些中间层的蛋白质。」
王晓晴摇摇头:「上一批我们已经把氯仿的比例提高了百分之二十,离心时间也延长了五分钟,纯度是稍微好了一点,但是浓度直接掉到了5ng/ul以下。」
陆晓林在一旁分析:「血清里全是蛋白,游离的核酸少,TrizoI提取法,用在血清上,天生就有缺陷。」
实验室众人,陷入沉默。
其实在後世,有专门针对血清的柱提法商业试剂盒,傻瓜式操作,半个小时就能得到高纯度的miRNA。
但在08年,专门针对液体活检的试剂盒在国内根本买不到,就算买到了技术也还远未成熟,所以只能用最基础的化学试剂,手工一步步去抠。
蔡卓群问:「王教授,有什麽办法没?」
王晓晴:「别问我,江河呢?江河去哪儿了?」
陈浩举手:「老江说有点事来着,马上回来。」
王晓晴:「那大家先停一下吧,休息十分钟。」
晓晴教授现在也是学聪明了。
自己苦哈哈研究半天,不如江河回来一句话直接解决。
与其浪费脑细胞,还不如休息休息,保存体力————
众人出去休息时。
易向晚和顾亦舟去给大家买水。
在路上,易向晚罕见地没有开玩笑,略显忧愁的说道:「师兄,你说咱们这项目,到底能成吗?」
顾亦舟看了他一眼:「怎麽了?不想干了?」
「哎呀,那肯定不是啊,只是————我在想一件事嗷,退一万步讲,就算我们今天把提取纯度的问题解决了,就算接下来的逆转录、PCR体系全部都解决了,然後呢?」
顾亦舟皱着眉头。
易向晚接着说:「我们该如何验证呢?既然是胰腺癌早筛,那到了最後,验证模型是否有效的话,我们需要真正的患者样本吧?」
「而且,我们需要的是【看起来完全健康,但实际上刚患上极早期胰腺癌的患者的血】。」
其实这个问题,几个核心组员心里都有想过。
只是大家都在闷头干活,谁也没有捅破。
因为胰腺癌的隐蔽性极强。
当患者因为腹痛、黄疸去医院就诊时,往往已经是中晚期了。
极早期胰腺癌,患者自身没有任何症状,常规体检也查不出来。
所以,想要拿到这种样本,唯一的途径就是依靠完善的血清生物样本库。
就是医院长期保存大量体检人群的血清,几年後,当其中某些人被确诊为胰腺癌时,研究人员再把他们几年前还是健康状态时的血清找出来,用来测试江河的早筛模型,看看能不能在几年前的血液里发现异常的miRNA升高。
但现实是,08年的中国,没有医院拥有如此完善的高质量血清生物样本库。
协和也没有。
「所以,如果找不到验证数据,验证数据就没意义————」
「喝什麽?」顾亦舟打断了他。
「啊?哦,呃,可乐吧,可乐就好。」
易向晚接过冰可乐,在自己的脖子上滚了一圈,好凉。
而後他说道:「师兄,我说这个不是打击老大的意思,我的意思是————」
「行了,别解释了,想那麽多干嘛?这些问题是老大需要考虑的,我们现在的任务是把提取这关过了,别到了最後,老大从欧洲、从挪威、从美国把样本找来了,结果咱们连RNA都提不出来,那才叫丢人。
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「靠,也是啊!确实有点想太多了————」
两个人带着水回到实验室。
发现江河已经回来了,正站在NanoDrop的屏幕前。
而且王教授正在乖巧地汇报情况:「纯度提不上去,TrizoI的局限性,血清里的蛋白含量远超组织,吸取上清液的时候,不可避免地会带入杂质,如果要避免带入杂质,就只能吸取最表层的少量液体,但那样RNA的浓度又达不到下游PCR的要求,咋办?」
江河淡然道:「不早跟你们说过了?加糖原。」
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实验室里的人都愣了一下。
老组员虽然听过江河讲这个事情,但是大家都不知道具体该怎麽执行啊————
「噢,怪我,讲的不够细。」
江河随後解释道:「在加入异丙醇沉淀之前,往水相里加入5微升浓度为5mg/ml的糖原作为共沉淀剂,不仅能作为载体帮助极微量的RNA聚集沉淀,还能让最後形成的沉淀团块变得肉眼可见,方便後续洗涤,减少丢失。」
陆晓林思考了一下,提出了疑问:「可是这解决不了杂质的问题啊,只要我们用移液枪吸水相,还是会吸到蛋白。」
江河回答:「所以,洗两遍,双重氯仿抽提,第一次加氯仿离心後,吸取上清液,移入新的离心管,然後,往吸出的这部分上清液里,再加一次等体积的氯仿,剧烈震荡,进行第二次离心,简单来说,牺牲第一次的取液量来换取纯度,然後再通过加入糖原共沉淀,把浓度拉回来。」
这下大家听懂了。
Ⓑ 𝑄 𝙶e 9. 𝑪o 𝙈
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