明朝的两京制度其实很早就出现，早在明太祖朱元璋开国的时候，除了定都于南京，他还在开封弄了个“北京”，这也是明朝两京制度的雏形。
后世都以为明朝两京制度发起于朱棣，其实是错怪他了。
朱元璋这一制度旨在解决明朝时期南北之间的资源分布矛盾，确保国家安宁，并尝试在南北之间找到一种平衡，一定程度上缓解了经济重心南移和军事力量北聚之间的矛盾，为明朝长期稳定和发展奠定基础。
但是后来朱元璋发现这样的设定好像并没有什么实际用处，就在洪武十一年，撤销了开封京城的头衔。
再后来燕王朱棣搞了一场靖难之役，抢了自己侄子建文帝的皇位。
但是朱棣进入南京后，“被迫”处理了一帮不肯降服的建文旧臣，弄得南京城人心惶惶。
等到朱棣在南京正式登基称帝，他心里还一直不踏实，总觉得南京不如自己的根据地北平好。
于是朱棣果断下旨，迁都北平，并将北平改名北京。
虽然北京成为了明朝新都，但是南京也还是名义上的都城，所以明朝在一段时间内，存在着两个都城。
直到明英宗继位后，才正式确立了北京“正都”和南京“留都”的地位，两京制度也就此形成。
“留都”南京又到底起个什么作用呢？
简单地说，就是管理着南方的这小半壁天下。
虽然南京没有都城的名头，但是南京的政府机构却保留了下来。包括完善的六部制度和翰林院、督查院等重要机构，北京有的，南京全都有。
比如说南京六部，也算实权机构。
吏、户、兵、工四部分别负责南京及其周边各省的官吏考察、税粮征收、地区守备和水利屯田等职责。
只有礼部和刑部有些尴尬，皇帝和朝廷都在北边，礼乐制度和法律制定自然也轮不到南京的小朝廷。
所以南京礼、刑两部的职能进行了弱化，只能管管南京礼制和治安方面的小事。
钱多事少官还大，整日悠闲自在，看似南京做官貌似很幸福才对，其实不然。
明朝南京里做官的大多都是什么人？
做事劝谏惹皇帝不开心，去南京做官。
办事能力差，达不到皇帝要求的，去南京做官。
老得上朝都困难的，皇帝看着都急的，去南京做官。
可以说皇帝不想见的大臣，又不好查办的，就去南京做官，所以南京还有一个头衔“明朝专用养老机构”。
所以南京做官的这一群人，远离权力中心，基本上政治前途已经破灭了，除了个别“咸鱼”，其他的官员的内心都是非常痛苦，哪怕是从北京的二品，升到了南京的一品大员，那种心理落差也足以宣告一个人仕途理想的破灭。