接下来船队在瓦尔德斯半岛南部280斯塔狄亚的圣克鲁斯河河口再次留了2000人下来建立了一个定居点，接着没多久就来到了一段地形非常复杂的海峡（麦哲伦海峡），其可怕之处主要体现在其恶劣的天气条件、狭窄的水道以及复杂的潮流和风向变化。
这里位于南美洲大陆最南端，由火地岛等岛屿围合而成，海峡蜿蜒曲折，长592千米，最窄处仅有3.3千米，最宽处却有32千米左右。这里的天气条件极为恶劣，长期受到偏西大风和风暴的影响，尤其是在每年9月中旬至来年3月盛行西南风，10月至11月份风力较大，风浪通常在早晨起风，下午随日落风力逐渐减弱。幸亏现在是八月份，风浪还不算太大。
此外，麦哲伦海峡的潮流和风向变化复杂，主航道内的流向受潮水影响，流向多变，航经有河口交叉的航段时要注意流压差影响。这些因素共同作用，使得麦哲伦海峡成为南大西洋与南太平洋之间最重要的天然航道，但由于是逆风航行，风大浪高，航道狭窄，岛屿众多，航线不明，航道曲折，很难航行。
麦哲伦海峡的暗礁和浅滩是由于其地理位置和地质构造形成的。海峡两侧的山地形成的显着狭管效应使得西风风力得以加强，风大浪高。此外，海峡曲折狭长，多暗礁和浅滩，当受西风吹拂的海流经过时不断受到阻隔，导致逆流和漩涡的产生。
帕特罗克勒斯欣赏了一个月的峡湾风光才从海峡中出来，火地岛的原住民雅甘人是一个也没见到。通过四分仪和罗盘，他发现他们已经穿过了这个大陆，至于南面什么情况只能以后另外派人去探索了。
他带领舰队继续北上并时不时地派人到陆地上探查情况，终于发现了有人类活动的痕迹，生活在这里的正是马普切人，马普切人一副生人勿近的状态让人很难前去沟通，最后还是采用先送礼再沟通的办法，和他们取得了联系。帕特罗克勒斯在南纬47°西经74°的一个海湾（佩纳斯湾）处建了一个小镇，就以马普切人的族名命名，留下了3000人，和两艘船只。
由于帝国子民的善意，马普切人对这些新来的人也表现出了善意和好奇。他们进入村庄，看到了很多新鲜事物，在了解到他们喜欢黄白之物后，纷纷拿着白银和纯铜前来交易，看到大船，也有想上去参观的，对此，新移民都是来者不拒。他们也希望把他们融入进来，为建设美好的家园增加劳力。