万历十二年（1584年）李成梁遭受文官集团的弹劾，第一次向朝廷请求退休。
可见此时的李成梁已经意识到一些东西，所以对大明朝廷有些灰了心。
然而万历皇帝没有允许。
万历十三年（1585年）七月，李如松改以都督佥事提督京城内外巡捕。
同年十二月兵科给事中邵庶弹劾李如松及其弟、副总兵李如柏不法的行为，并请皇帝对李如松稍加抑制。
万历皇帝认为李如松父子兄弟都是因战功升职，与寻常恩荫不同，加恩并无不妥，不予理会。
万历十五年（1587年）李如松在出任宣府总兵官，期间与巡抚许守谦曾检阅军事操练，不守武将尊文官之惯例，直接引许守谦与自己同坐。
参政王学书劝解李如松，二人争执不下，几乎要动手大战一场。
很多人把李如松的这一举动看成是“骄横不法”，但这恰恰是李如松真正向万历皇帝投诚的关键时刻。
这场闹剧，其实就是李如松自绝于文臣，彻底投向皇权的投名状。
自张居正当权之后，朝堂被张居正一手扶持的江南仕林独霸。
万历皇帝虽然清算了张居正以及跟他最亲近的一批官员，但是并没有能力将已经布满朝堂的江南仕林一体铲除。
因此，在张居正死后的十年，就是万历皇帝分化瓦解江南仕林最重要的十年。
在文官方面，万历皇帝着重培养了张居正的对头赵志皋、沈一贯等人，这些人就是所谓的浙党核心。
而在武将方面，李如松就是万历皇帝的最为倚重的臂膀。
万历皇帝亲手将他扶成了自己在军方的代表。
同时也是用来取代李成梁的重要臂膀。
正因如此，不管有多少弹劾，万历皇帝始终不为所动，信任如一。
而李成梁的态度一直暧昧，企图两边押宝。
实际上李如松的第一次被召回京城的时候，李成梁就已经感受到了皇权的势微。
因此他想激流永退，告老致仕，不想去趟江南仕林跟皇权之争的这趟浑水。
然而万历皇帝不想放过他，强行将他拉入了争斗的漩涡。
直到万历十九年（1591年），李如松坚定的倒向皇权后，才借故任他离去。
万历二十年（1592年）宁夏镇原副总兵哱拜父子与蒙古河套部落勾结发动叛乱。
连克中卫、广武、玉泉营、灵州等城，“全陕震动”。
同月，礼部给事中李献可等人在“国本”问题上向万历皇帝进言。