万历二十五年（1597）八月，朝鲜闲山岛失守。
福建巡按御史徐兆魁再次提出了征讨日本本土的“捣巢之策”。
经由兵部览议，终在次年正月十三得到了万历皇帝本人的采纳，决定实施的这一征讨日本本土的战略。
《明神宗实录》记载主要有以下内容:
一、联合日本国内反对丰臣秀吉的地方大名。
“关酋（指丰臣秀吉）背道逆天，虐用其众，闻各岛愤怨已非一日，纠合出奇，诚因势利导之策也”；
二、“举事莫先于浙”，由浙江率先出征；
三、福建、广东两省也一起出征，以两省旅日商人作为内应，“尤莫便于闽广，以日本多两省之人，可以响应。”
万历皇帝还对此十分开明，同意“随便酌行”，给予地方绝对的自主权，绝不掣肘。
这个计划如果能够施行，那么万历皇帝必将被后世人称之为‘千古大帝’。
只可惜，由于江南仕林的反扑，万历皇帝数十年精心谋划毁于一旦。
万历二十六年（1598年），这是万历皇帝生命中最为黑暗的一年，也是江南仕林对万历皇帝做垂死反扑的一年。
前面说过，江南仕林的核心是‘阳明心学’。
万历皇帝虽有注意防范，但他还是轻视了‘阳明心学’的威力。
受‘大明战神’的影响，万历皇帝天真的以为，只要自己掌控皇权江南仕林就会俯首听命。
但是他万万想不到，他所面对的文官集团，与‘战神大大’所面对的文官集团有本质上的区别。
‘战神大大’面临的文官集团，是受‘理学’思想荼毒的顽固型腐儒集团，一但皇权稳固，他们也就老实下来了。
万历时期的文官集团则大不一样。
随着大明内地承平日久，阶级固化的问题越来越凸显。
仕林学子们的思想也在逐渐寻求突破口。
而民间的突破口，则是不断出现从事外贸（海盗、倭寇等）的人员。
同时由于大明商税低廉，使得商业过度繁荣，带来大量各阶层的人口流动。
使各阶层的思想不停的交互碰撞，一股活跃的风气开始自下而上在大明的国土中传播。