实际上对于马林，万历皇帝忍他已经不是一天两天了。
他上任不过短短的两年，就把辽东变成了一个粮食无底洞。
辽东兵力空虚，粮饷暴涨，都跟这个人有直接关系。
万历二十七年（1599年）四月朝鲜战争结束，明军搬师回朝。
在万历援朝战争中，辽东先后共派往朝鲜战场的辽东军总计约有十二万战兵。
七年的战争，损失了一部分，裁撤了一部分。
户部统计的剩余九万五千兵额，这显然是在一个合理的数字范围。
此时的辽东总兵是孙守廉，也是辽东系的将军，李成梁的部将。
上任之后一言官就一直对他的攻讦不断，当年九月就被迫离任。
其后马林于同月上任，上任半年就上书《补救十策》要整顿辽东兵备。
其中重点提到想给每个士兵每月增加一钱银子。
万历二十八年（1600年）三月，户科都给事中李应策针对马林提出的《补救十策》进行了调查。
根据李应策的调查结果，辽东原有的九万五千兵额，现在可战之兵只有四万人不到。
兵力减去了十分之六，却不见有多余的粮饷剩下来。
就这，马林还要求增加了七万七千的军饷。
同样，战马的数额原有六万匹，现在只剩两万，马匹减去了三分之二，却不见剩余的草料，只有要增加的草料钱。
得亏万历皇帝对于增加军饷的事情一向谨慎，否则还不知道要被坑成什么样子。
可以说辽东成为大明填不满的粮食窟窿，马林要负主要责任。
所以在他与高淮起冲突的时候，万历皇帝才会激烈的说出永不录用的话。
马林没有将才，但名声却很响亮，究其原因还是他当年在大同为参将的时候，因为繁荣了当地马市被江南士林看中。
万历初期，马芳因是高拱亲信的王崇的人受到牵连辞职。
随后经过多年的活动，于万历三年（1575年）九月，被起用为前军都督府佥书管事。
也就是此一时期大明在长城沿线得胜堡、新平堡、助马堡等地设十个互市点，使得宣府、大同一线的马市在数十年间高度繁荣。
而当时宣府、大同都是马家的势力范围，马林也由此和晋商势力关系密切。
晋商作为明朝时期的主要商帮之一，其发展与江南仕林有着密切的联系。
而江南仕林被万历皇帝分化之后，其主要以商业家族为主体的继承党派东林党，则成了晋商主要支持对象。