敏锐察觉到崇祯帝对钱谦益可能的疑虑，温体仁与同样未被列入名单的周延儒合作，共同散布关于钱谦益及其同党操控内阁推选的消息。温体仁更是在关键时刻上疏，揭露多年前钱谦益在科场舞弊案中的角色，指责他结党营私，不配为阁员。此番攻讦直接导致了崇祯帝在文华殿召见群臣，让温体仁与钱谦益对质。温体仁紧抓机会，坚称自己孤立无援，而满朝皆为钱谦益党羽，最终说服崇祯帝将其政敌逐出朝廷。
然而，温体仁的胜利并未持续太久，很快他就面临了来自江西道御史毛九华的弹劾，指控他“媚珰”，即讨好权宦魏忠贤，甚至在魏忠贤的生祠前献诗颂扬。毛九华还揭发了温体仁在丁忧期间的不当行为，包括低价购买木材及贿赂阉党以逃脱法律制裁等。[26][27]面对这些指控，温体仁一方面请求辞职，另一方面坚决否认所有指控，并要求与毛九华对质。
在崇祯二年（1629年）正月的一次召对中，温体仁成功地反驳了毛九华和另一御史任赞化的指控，后者还被贬谪。崇祯帝认定毛九华提交的证据为伪造，温体仁的所谓劣迹不实。通过此次事件，崇祯帝形成了温体仁“孤忠”、无党派牵连的印象，这反而增强了他对温体仁的信任，同时也加深了他对东林党的猜疑。
三、善察帝意
崇祯帝以注重细节着称，他常常在阁臣提交的奏疏中寻找微小的错误，然后退回而不直接说明原因，考验阁臣的洞察力。在这样的情况下，温体仁展现出了他独特的能力，能够精准地识别出崇祯帝关注的细节所在，这一点在众多阁臣中显得尤为突出。[79]
有一次，陈子壮上疏，阁臣们反复票拟，却总是被崇祯帝打回，无人知晓其中缘由。正当众人困惑不解之时，温体仁缓缓开口：“或许是因为疏末未填写日期吧！”众人随后检查疏文，果真发现了这个疏漏之处。[79]这一事件充分展现了温体仁对细节的敏锐捕捉，以及他对崇祯帝心思的深刻理解。
更为典型的是发生在崇祯八年（1635年）夏天的一件事。崇祯帝依照惯例表彰在镇压农民起义中战死的曹文诏，并提拔其子曹变蛟为副总兵。曹变蛟随后上疏谢恩，然而，崇祯帝却反复将奏疏退回，还在上面标示了两点，分别位于恤典日期和谢恩日期之上，令阁臣们一头雾水。此时，温体仁因病休假，当他重新入职后，仔细研究了这份谢恩疏，最终发现了问题所在：上疏日期与恤典日期间隔过短，这意味着远在战场的曹变蛟不可能如此迅速地完成谢恩疏的撰写。原来，曹变蛟事先委托他人，在恤典圣旨公布后立即代为书写谢恩书。温体仁在票签中提出了疑问，第二天便得到了崇祯帝的认可和回复。[79]