一、追随太祖
钮祜禄·额亦都与努尔哈赤的结缘始于一段充满挑战的时期。1580年（明万历八年），额亦都正值青春年少，却已经展现出超乎常人的胆识和智慧。这一年，努尔哈赤途经嘉木瑚寨，并借宿在额亦都的姑父穆通阿家中。两人初次见面便相谈甚欢，彻夜长谈间建立了深厚的友谊。额亦都对努尔哈赤的雄才大略深感钦佩，并决心追随这位未来的大英雄，尽管面临着来自家庭的反对。他毅然决然地告诉姑姑：“大丈夫生于世间，岂能碌碌而终。我一定会建功立业，不让姑姑担忧。”
次日，额亦都便告别家人，跟随努尔哈赤踏上了征程。此时的努尔哈赤处境十分艰难，仅凭手中十三副盔甲起家，但他的心中却怀揣着统一女真各部的伟大梦想。随着额亦都的加入，努尔哈赤的力量得到了增强，两人的命运从此紧密相连。
不久之后，努尔哈赤面临着生死存亡的考验。他的族人龙敦等人害怕努尔哈赤的势力壮大会引来明朝的镇压，计划在夜间杀害努尔哈赤以向明朝邀功。这个消息被额亦都得知后，他立即采取行动保护努尔哈赤。在这危机四伏的夜晚，额亦都寸步不离努尔哈赤左右，警惕地守卫着这位未来的领袖。当刺客们悄悄接近时，额亦都凭借着过人的勇气和机智，成功地阻止了这次暗杀行动，确保了努尔哈赤的安全。
二、征战诸部
从1583年开始，额亦都跟随努尔哈赤征战四方，展现出了非凡的军事才能。这一年，努尔哈赤起兵讨伐尼堪外兰，额亦都随军出征，先后夺取了图伦城、色克济城、舒勒克布占城。在这些战斗中，额亦都表现出了极高的勇气和战斗力，他能够拉开十石强弓，多次以少胜多，因此受到了努尔哈赤的日益信任。
1587年，额亦都率军攻打巴尔达城。在行军途中，他们遇到了浑河的阻碍，河水暴涨让渡河变得异常困难。面对这一挑战，额亦都命令士兵用绳子将自己系住，然后一个个依次渡河。成功渡河后，他带领勇士们连夜攻城。守城的士卒被突然袭击所惊醒，匆忙之间射出的箭矢射穿了额亦都的大腿，将他钉在了城墙上。即便如此，额亦都依然挥刀砍断箭矢，继续作战，身上多处受伤，但他毫不退缩，最终成功夺取了巴尔达城。努尔哈赤为表彰他的英勇，授予他“巴图鲁”的称号。
不久之后，在对萨克察的战役中，额亦都率领军队接连攻下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨。在一次战斗中，界藩城发生了一起盗马事件，盗贼科什偷走了建州的九匹马。额亦都单骑追击，最终斩杀了科什，将马匹全部夺回。此外，他还处理了嘉木瑚人贝挥巴颜的叛乱问题，将叛乱者及其家人全部处决。
1593年，叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，进攻黑济格城。努尔哈赤亲自指挥，部署兵力进行防御，并命令额亦都率领一百骑兵出击。额亦都在战斗中力斩九人，击退了敌军，并生擒了叶赫的贝勒布寨，随后趁势夺取了诺赛寨和兆佳村。同年稍后，纳殷路首领搜稳塞克什再次集结兵力，据守佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古合力攻破佛多和山，斩杀了搜稳塞克什。