一、即位之初
林丹汗即位之时，正值蒙古内部权力分散且外部压力重重的关键时刻。万历三十二年（1604年），年仅十三岁的林丹汗继承了汗位，成为蒙古大汗，他继承的是一个已经衰败的汗国。此时的蒙古汗权不再像昔日那样强大，各部落各自为政，其中科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯等部已经不再完全服从于蒙古大汗的指挥，而仅仅是名义上的共主。这些部落中，有的已经倾向于独立，有的则与后金有着密切的联系。同时，漠西的瓦剌部依然保持着与北元的敌对状态。
林丹汗即位之初，在明朝的官方记录中也有所体现。万历三十四年（1606年）十月，明朝兵科都给事中宋一韩在其奏文中提到林丹汗，称其为“凌丹憨新立”，暗示了林丹汗刚继位不久且尚未树立权威的事实。同时，宋一韩还指出，尽管当时的蒙古内部存在分裂，但由于土蛮（布延汗）去世，明朝暂时得以喘息。宋一韩认为，林丹汗作为一个“穷饿之虏”，尚未获得足够的实力来应对复杂的局面。
次年七月，兵部尚书萧大亨也在上疏中分析了边防形势，提到了林丹汗“幼憨嗣立，懦弱未威”，这意味着年轻的林丹汗尚未能够建立起强大的个人权威来统领蒙古各部。这种描述反映了明朝对林丹汗早期统治能力的看法。
万历三十七年（1609年），辽东巡按熊廷弼在报告中也提到林丹汗“尚不能统众”。这表明，在林丹汗即位后的几年里，他仍然未能有效地团结蒙古各部，也没有足够的力量来应对明朝或者后金的威胁。
二、崛起壮大
林丹汗即位数年后，其威望与实力逐渐提升。万历四十年（1612年），林丹汗首次率军三万侵入明朝边境，虽然此次行动未能取得显着成果，但显示出了林丹汗扩张领土的野心。随后的几年里，他继续加强自己的军事力量，并在万历四十三年（1615年）秋天发起了更加大规模的军事行动。这一年，林丹汗亲自率领数万军队，连续三次袭击明朝边境，从广宁到锦州的战线绵延数百里，声势浩大，明朝方面对此表示震惊，称林丹汗为“虏中名王，尤称桀骜”。
万历四十五年（1617年），林丹汗送回了之前掳掠的明朝人口，并获得了与明朝进行贸易的权利。这一举动不仅缓解了与明朝的紧张关系，也提升了他在蒙古诸部中的声望。