一、从讨三藩
费扬古在康熙年间参与了多次重要的军事行动，其中最引人注目的是他在平定三藩之乱以及后来对抗准噶尔部首领噶尔丹的过程中所发挥的关键作用。
康熙十三年（1674年），当三藩之乱爆发后，费扬古跟随安亲王岳乐率领的清军进入江西，对抗吴三桂的叛军。在一系列战斗中，费扬古展现了出色的军事才能。1676年，在萍乡，他击败了吴三桂的女婿夏国相，迫使夏国相撤退，随后费扬古继续围攻长沙，取得了连续的胜利。到了1679年，他又在武冈击败了吴国贵。这些胜利为清军最终平定三藩之乱奠定了坚实的基础。战后，费扬古因其卓越的表现被提拔为领侍卫内大臣，并成为议政大臣。
随着三藩之乱的结束，费扬古的注意力转向了北方的威胁——准噶尔部。在康熙二十九年（1690年），清廷组织了一次大规模的征讨噶尔丹的军事行动，费扬古受命前往科尔沁征兵，并参与了乌兰布通之战，成功地击败了噶尔丹的军队。
在接下来的几年里，费扬古继续在西北地区执行防御任务。1693年，归化城（今呼和浩特）增加了戍兵数量，费扬古被任命为安北将军，负责驻守该城。两年后，当噶尔丹派遣使者前来请求入贡时，费扬古亲自率军迎接并护送使者，但康熙帝意识到噶尔丹此举可能是为了刺探情报，遂下令遣返使者，并谴责噶尔丹的居心叵测。
1695年，费扬古再次被委以重任，这次是作为抚远大将军，负责抵御噶尔丹的潜在威胁。康熙帝亲自向费扬古授予讨伐噶尔丹的战略计划，并委派多位高级将领辅助他。尽管噶尔丹一度到达哈密，但最终并未对归化城构成直接威胁。费扬古的这些行动有效地维护了清朝西北边境的安全。
二、北上破敌
为了彻底解决准噶尔部首领噶尔丹对内蒙古的威胁，康熙帝在1695年二月再次御驾亲征。这次征伐分为三路：东路由萨布素负责，率军驻守蒙古东部，以防噶尔丹向东逃窜；西路则由被任命为抚远大将军的费扬古统领，是此次征战的主力军，兵力超过四万六千人；中路由康熙帝亲自率领，兵力约为三万三千人。
按照计划，中路军在四月初一从北京出发，而西路军在三月份从宁夏和归化两地出发，两军预计在五月底于土拉河以北会师。然而，在行军过程中，西路军遭遇恶劣天气的影响，这导致行军速度减慢，费扬古担心如果不能按时到达，会使康熙帝率领的中路军单独面对极大的压力。于是，费扬古亲自率领一万四千精锐部队日夜兼程，以确保能够及时支援中路军。
当康熙帝抵达克鲁伦河以南时，发现北岸已无敌人踪迹，原来噶尔丹早已拔营撤退。在逃亡途中，噶尔丹抛弃了老弱残兵和辎重，经过五昼夜的狂奔后，抵达位于库伦（今乌兰巴托）附近的昭莫多。但就在此时，费扬古率领的西路军已经赶到，双方随即展开激战。费扬古指挥下的清军勇猛无比，将噶尔丹的主力部队几乎全歼。