到了六月，王辅臣计划逃走，命令手下在黄河制造筏子以求逃脱。王进宝得知消息后，迅速组织兵力沿河拦截，挫败了叛军的逃亡企图，并迫使叛将赵士升投降。
同年秋天，吴三桂派遣王屏藩、吴之茂增援王辅臣。吴之茂占据了西和的凤凰山，王进宝率军进讨。初战不利，但在当夜，吴之茂派出军队袭扰，却被王进宝在党家山击败，许多叛军士兵坠崖身亡。
1676年（康熙十五年），王进宝因功勋卓着被晋升为陕西提督，同时兼任西宁总兵，驻守秦州（今甘肃天水）。三月间，吴之茂占领了北山，王进宝与将军佛尼埒分兵迎战，成功击败了叛军，俘虏了叛将徐大仁。随后，王进宝在罗家堡、盐关多次打败叛军。吴之茂集结残军，驻扎在铁叶硖、红山堡，并秘密运送粮草。王进宝派军在牡丹园伏击叛军，缴获了大量粮草和军械。
不久之后，王辅臣与四川叛将谭弘联手进犯通渭。当时，王进宝正率领数十骑兵向东进入峡口，听到将军赫叶战败的消息后，他命令士兵将树枝绑在马尾上，制造出尘土飞扬的假象，以此迷惑叛军。叛军不明就里，惊慌失措之下撤退，被王进宝的军队追击数十里。王进宝随后分兵进攻，收复了静宁，并协助大将军图海夺取了平凉，迫使王辅臣投降。
六月，王进宝进军乐门，击退了前来骚扰的叛军，并与佛尼埒会合。吴之茂屡遭失败，最终仅带着十几人溃逃。平凉、固原两地得以平定。清廷为了表彰王进宝的功绩，封他为二等阿思哈尼哈番（汉文为男爵）。康熙帝更进一步将其晋升为一等，并授予奋威将军的称号，仍然兼任提督平凉诸军事。
三、平定三藩
1678年（康熙十七年），王进宝在平定三藩之乱中取得了显着的胜利。这一年，他成功收复了庆阳，并斩杀了叛将袁本秀。1679年（康熙十八年），大将军图海计划夺取汉中，并与总兵费雅达沿栈道进军。王进宝请求让长子王用予随军作战，康熙帝随即任命王用予为副将。当军队行进至宝鸡时，王用予在红花铺指挥了一场大胜，攻克了凤县和两当等地。