一、追随太祖
钮祜禄·额亦都与努尔哈赤的相遇，是清朝早期历史中一个重要的转折点。1580年，也就是明朝万历八年，额亦都的人生轨迹发生了根本性的转变。这一年，努尔哈赤途经嘉木瑚寨，这是一个位于今天辽宁省抚顺境内的地方，而额亦都正居住于此。努尔哈赤借宿在额亦都的姑父穆通阿家中，两人因此有了交集。
据记载，额亦都与努尔哈赤初次见面便相谈甚欢，两人彻夜长谈，彼此间的交流让额亦都深感相见恨晚。努尔哈赤当时虽然只是一个小小的部落首领，但他胸怀大志，对未来有着宏伟的规划。额亦都被努尔哈赤的抱负所感染，决定追随他，即便这意味着要离开亲人和熟悉的环境。面对姑姑的反对，额亦都毅然决然地说：“大丈夫生于世间，岂能碌碌而终。我一定会建功立业，不让姑姑担忧。”次日，额亦都便告别了姑姑，随努尔哈赤一起离开了嘉木瑚寨。
努尔哈赤当时的处境十分艰难，家中仅有十三副盔甲，这象征着他的实力微弱。努尔哈赤的族人龙敦等人因为害怕明朝政府，企图通过杀死努尔哈赤来换取明朝的赏赐。因此，他们派遣了一些人，在夜间潜入努尔哈赤的住处意图行刺。此时，额亦都的重要性凸显出来。由于额亦都一直随侍在努尔哈赤左右，这次暗杀行动未能得逞。额亦都不仅保护了努尔哈赤的安全，还为努尔哈赤提供了坚定的支持，使他能够在逆境中继续坚持下去。
二、征战诸部
从1583年开始，额亦都在努尔哈赤麾下展现出了卓越的军事才能。1583年，努尔哈赤起兵讨伐尼堪外兰，额亦都随军出征。在这一系列战役中，额亦都表现出色，他不仅帮助努尔哈赤夺取了图伦城、色克济城、舒勒克布占城等重要地点，而且还凭借自己的勇猛和智慧赢得了努尔哈赤的信任。
1587年，额亦都率军攻打巴尔达城时，遭遇了意想不到的困难。当时，浑河水位上涨，阻碍了军队前进的道路。面对这种情况，额亦都展现出非凡的领导能力和勇气，他命令士兵们用绳子系在身上，采取鱼贯的方式渡河。在成功渡过浑河后，额亦都带领着勇士们连夜发动进攻。在激烈的战斗中，额亦都的大腿被敌人的箭矢射穿，甚至被钉在了城墙上。尽管身受重伤，额亦都仍然挥刀砍断箭矢，继续奋战，最终身中五十多处创伤，仍然坚持作战，最终成功夺取了巴尔达城。努尔哈赤对额亦都的表现极为赞赏，授予他“巴图鲁”（勇士）的称号。
随后几年里，额亦都继续在战场上立下了赫赫战功。在对萨克察的战役中，额亦都率军连下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨等地。有一次，界藩城发生了盗马事件，额亦都单骑追击盗马贼科什，不仅将其斩杀，还成功夺回了被盗的九匹马。此外，他还诛杀了叛变的嘉木瑚人贝挥巴颜及其家人，维护了努尔哈赤的权威。