1671年（康熙十年），范承谟因健康原因请求辞职，返回京城。然而，浙闽总督刘兆麒、浙江提督塞白理以及多位官员联名上书，称浙江百姓恳请范承谟留任。他们强调范承谟在任三年间，爱民如子，严惩贪污腐败，大力整治弊政，深受民众爱戴。鉴于此，康熙帝决定让范承谟继续担任浙江巡抚。
1672年（康熙十一年），范承谟再次上疏，提出一系列改善民生的建议。他指出湖州、嘉兴两府的白粮加耗标准不一，请求统一规定为每石四斗五升；同时，请求免除温州、台州两卫在康熙九年以前未交的赋税以及石门、平阳两地未足额缴纳的轻赍月粮。这些提议得到了康熙帝的认可，并交由户部讨论实施。
三、遭到囚禁
1673年（康熙十二年），范承谟被提拔为福建总督，并兼任兵部右侍郎兼右副都御史。面对这一重要职务，范承谟最初上表推辞，但未获批准，于是请求入京觐见。同年七月，范承谟抵达京师，并入宫面圣。当时他身体抱恙，康熙帝特别命令御医为他诊治，并赐予药物。病情好转后，范承谟前往福建赴任，并将总督府的驻地从漳州迁到了福州。
同年，三藩之乱爆发，吴三桂在西南起兵叛乱。范承谟敏锐地察觉到靖南王耿精忠也有反叛之心。为了应对可能的危机，范承谟上书朝廷，请求暂时不要裁减军队，并计划亲自巡视沿海地区，调集兵马加强防御。然而，在范承谟的计划还未付诸行动之前，耿精忠便已公开叛变。
耿精忠假借海盗入侵的名义，邀请范承谟前来商议对策。与此同时，福建巡抚刘秉政也依附耿精忠，催促范承谟尽快前往。范承谟意识到形势不对，但仍孤身一人前往耿精忠处，拒绝携带侍从护卫。面对耿精忠的党羽拔刀相向，范承谟毫不畏惧，挺身而出，大声斥责耿精忠的叛逆行为。
耿精忠深知范承谟在福建百姓中的崇高威望，担心贸然杀害他可能会激起民愤，于是选择将范承谟囚禁在一个土室里，并给他戴上刑具。范承谟在被囚期间进行了绝食抗议，坚持了八天（也有说法是十天），但并未因此丧命。
耿精忠随后派遣刘秉政前来劝降。刘秉政来到范承谟面前，一边前进一边作揖，试图缓和气氛。范承谟命令身边的人将他从床上扶起，然后用力将刘秉政踢倒在地，并大声呵斥道：“你们这些叛贼应当受到朝廷的严惩，我今天就让你见识一下朝廷的力量！”这一举动展示了范承谟坚定的立场和对国家的忠诚。