康熙二十年（1681年），王继文被擢升为云南巡抚。他深知要确保边疆的稳定，就必须从根本上解决问题。为此，他在任内采取了一系列措施：
抚民办饷：通过有效管理军需物资，确保了军队的供给，同时也减少了对当地百姓的负担。这一举措有效地缓解了军需与民生之间的矛盾，使得军队能够在没有后顾之忧的情况下继续作战，同时也减轻了当地百姓的经济压力。
兴修水利：修复和新建灌溉设施，提高了农业生产效率，帮助恢复了受到战争破坏的经济。王继文意识到水利设施对于农业生产的重要性，因此他组织人力修复了受损的灌溉系统，并新建了许多新的水利设施。这些工程大大提高了农田的灌溉效率，促进了农作物的增产，对于恢复云南的经济起到了关键作用。
减税恤民：奏请减免黑井盐税，减轻了民众的生活压力。黑井盐是云南地区的重要资源，盐税的减免对于减轻民众负担、稳定物价起到了重要作用。这一举措受到了当地百姓的欢迎，增强了民众对政府的信任和支持。
制定屯田制度：制定了一套合理的屯田起课纳赋办法，既保证了国家的税收，又促进了农业的发展。屯田制度是清朝边疆治理的一项重要政策，通过鼓励士兵和百姓开垦荒地，既能增加粮食产量，又能增加国家的税收。王继文在云南实施的屯田制度不仅促进了当地农业的发展，还为边疆地区的稳定提供了物质基础。
教育事业：提倡修建学校，重视教育，为云南的文化繁荣打下了坚实的基础。王继文认为教育是边疆地区长期稳定的关键，因此他积极推动修建学校，鼓励当地居民特别是儿童接受教育。这些学校不仅传授了知识，还传播了儒家文化和道德观念，对于提升边疆地区的文化水平和促进社会稳定发挥了重要作用。
四、边疆的进一步巩固
康熙二十五年（1686年），王继文因母亲去世离职返回京城。然而，他并没有因此停下脚步。康熙二十八年（1689年），他再次被任命为云南巡抚，这一次他带着更加坚定的决心和丰富的经验回到了云南，继续推行改革措施，加强边疆的稳定。
再次出任云南巡抚 王继文深知云南边疆的稳定对于整个清朝的边防安全至关重要。因此，他继续推行之前成功的政策，并在此基础上进行了深化和完善。他进一步加强了军需物资的管理，确保军队能够得到充足的供给，同时减轻了对当地百姓的负担。他还继续推动兴修水利和农业生产的恢复，这些措施对于提高边疆地区的自给自足能力至关重要。