一、早年讨叛
吴兴祚在处理朱统锠叛乱事件中展现出了他出色的军事才能与政治智慧。康熙十三年（1674年），吴兴祚由无锡知县迁任行人司行人，但他仍然保留着知县的职务。不久之后，由于漕运总督帅颜的推荐，吴兴祚被破格提拔为福建按察使，开始了他新的仕途篇章。
康熙十五年（1676年），此时的福建并不平静。耿精忠曾一度背叛清朝，自立为王，并且私下授予朱统锠以敉远将军的称号。在耿精忠再度归顺清廷之后，朱统锠并未随之屈服，反而自封为“宜春王”，占据了贵溪一带，成为了一股不容忽视的地方势力。
面对这样的局面，吴兴祚并没有采取直接军事打击的方式，而是选择了更加灵活和高效的策略。他首先派遣了轻骑兵前往光泽地区，这里靠近朱统锠控制的地盘，意图通过外交手段来分化对方的力量。吴兴祚利用了朱统锠部下的不满情绪，成功说服了朱统锠的重要将领陈龙归顺清朝。陈龙在吴兴祚的策动下，愿意作为向导，并且帮助清军了解朱统锠的防御布局。
与此同时，吴兴祚还安排了另一名降将阳自归作为内应，这样就形成了内外夹击之势。陈龙带领清军主力悄悄接近朱统锠的驻地，而阳自归则在内部制造混乱，使得朱统锠的部队陷入了措手不及的状态。最终，在内外压力之下，朱统锠的大将冯珩意识到抵抗已无意义，决定束手就擒，亲自将朱统锠捆绑起来献给了清军。伴随着冯珩的投降，他所率领的三千兵马也随之归附了清朝。
二、防卫台海
康熙十七年（1678年），吴兴祚被升任为福建巡抚，此时的东南沿海并不安宁，郑经割据台湾，不断派出部队侵扰大陆，对清廷构成威胁。郑经派遣勇将刘国轩等进攻漳州、泉州等地，甚至包围了泉州城。面对这一严峻形势，吴兴祚果断采取行动，率领一支精锐部队从兴化出发，前往救援被围困的泉州。
在前往救援的路上，吴兴祚的部队到达了仙游，发现郑经的将领黄球带着两千人，并且联合了当地的一万多土匪，集结在白鸽岭。面对强大的敌人，吴兴祚展现出了一位优秀指挥官应有的冷静和决断。他将部队分成三路，自己亲自率领中路军迎战敌军，战斗从上午一直持续到傍晚，双方僵持不下。为了打破这一局面，吴兴祚巧妙地运用战术，派遣一支部队从小路秘密前进，夺取了白鸽岭的关键位置。这场突袭取得了显着成效，清军斩首六百余人，迫使大量敌军士兵落崖或溺水身亡。在追击残敌的过程中，清军收复了永春和德化两个县。