雍正十三年（1735年）八月，随着雍正帝的驾崩，乾隆皇帝即位，标志着清朝进入了新的时代。新帝即位之初，朝中人事变动频繁，各路英才纷纷被启用，以图巩固新君的地位。在这场人事调整中，孙嘉淦因其以往的忠诚与直谏精神受到了乾隆帝的重视。
九月，孙嘉淦被任命为吏部侍郎，这意味着他将参与到朝廷人事的选拔与考核之中，这对于确保官员队伍的廉洁高效至关重要。紧接着，在十一月，他又被授予都察院左都御史之职，同时仍然保留着吏部侍郎的身份。这两个职务的重要性不言而喻，吏部侍郎负责全国官吏的选拔和考核，而都察院左都御史则是监督百官的最高监察官，可见乾隆帝对孙嘉淦的信任之深。
不久之后，孙嘉淦再次上疏，这一次他的奏折聚焦于君主的“三习一弊”。所谓“三习”，是指皇帝可能养成的三种不良习惯或倾向，而“一弊”则是指这些习惯可能带来的严重后果。孙嘉淦的奏折直接且深刻地指出了新皇帝可能面临的潜在问题，这是对皇帝个人品质和执政能力的一种提醒。这种敢于直陈 天 听 的精神，在当时的朝堂上是非常罕见的。乾隆帝看到孙嘉淦的奏折后，非但没有生气，反而对其深感赞赏，认为孙嘉淦是一位忠心耿耿、敢于担当的大臣。因此，孙嘉淦被提升为刑部尚书，进一步彰显了他在新朝中的重要地位。
在担任刑部尚书期间，孙嘉淦继续秉持公正无私的原则。有一次，河南郑州发生了一桩复杂的冤案，案件涉及多名当事人，案情扑朔迷离。之前，虽然朝廷已经派出了钦差前去调查，但结果并不令人满意。面对这种情况，乾隆帝决定亲自任命孙嘉淦前往审理此案。孙嘉淦不负众望，凭借其深厚的法律知识和敏锐的洞察力，他细致地审查了所有证据，并与涉案的十余人进行了深入交谈，最终查明了真相，纠正了冤情，为当地百姓伸张了正义，赢得了广泛的赞誉。
乾隆三年（1738年）四月，孙嘉淦再获提拔，升任吏部尚书，同时继续兼任刑部尚书的职务。同年九月，当直隶总督李卫弹劾总河朱藻贪污渎职时，乾隆帝命令孙嘉淦和尚书讷亲共同前往审理此案。在孙嘉淦的主持下，调查组认真核查了所有相关材料，最终确认了朱藻的罪行，并依法对其进行了惩处，再一次证明了孙嘉淦的公正和高效。
四、心系百姓
乾隆三年（1738年）十月，孙嘉淦被任命为直隶总督，这是一项重要的职务，因为他所管辖的是紧邻京师的重要地区，对于稳定地方秩序、保障京畿安全具有重要意义。直隶总督不仅需要具备卓越的治理才能，还需要拥有解决实际问题的能力，尤其是在关乎民生的问题上。