乾隆二十年（1755年），高晋由安徽布政使升任为安徽巡抚。这一职位不仅意味着更高的权力，也意味着更大的责任。在任巡抚期间，高晋积极应对各种挑战，特别是在水利建设和救灾方面，他展现了出色的领导能力和实际操作能力。
两年后，即乾隆二十二年（1757年），乾隆皇帝南巡，重点考察了黄河堤防工程。这次巡视不仅是对地方官员的一次检验，也是对治河工作的一次全面审查。在巡视过程中，乾隆帝对徐州一带的黄河两岸堤工进行了实地考察，并指定高晋负责协助相关工程的建设。当时，由于大规模的工程导致市场上的粮食需求激增，从而推高了粮价，给当地居民的生活带来了不便。
面对这一情况，高晋迅速采取行动，他请求从漕运中拨出部分粮食用于平抑市价，同时申请额外的经费用于购买粮食以保障工程的顺利进行。乾隆帝对于高晋提出的方案表示赞同，并批准了他的请求。此举不仅解决了粮食供应的问题，也为工程的完成提供了坚实的物质保障。
乾隆二十六年（1761年），高晋被任命为江南河道总督，这是他职业生涯中的一个重要转折点。江南河道总督一职的重要性不言而喻，因为江南地区不仅经济发达，而且是重要的粮食产区，同时也是南北交通的重要枢纽。因此，维护该地区的水利设施，保证运河与黄河交汇处的水流顺畅，对于整个国家来说都是至关重要的。
在担任江南河道总督期间，高晋针对高邮、宝应、兴化、泰州等地长期遭受洪水侵袭的情况，提出了系统的治理方案。他主张通过加强河流管理，疏通阻塞河道，增加排洪渠道等方式来改善当地的排水系统。例如，他建议在金湾坝下方开凿新的引河，以引导洪水直接流入长江，减少洪泽湖与运河的压力。此外，他还关注到了下河地区的积水问题，提出了通过清理和拓宽支流、增设排水闸门等措施，来加速水分排出，减少农田被淹的时间，进而促进农业生产。
四、政坛显赫：从两江总督到文华殿大学士
乾隆三十年（1765年），高晋的治河成就进一步巩固了他的政治地位，这一年他被任命为两江总督，这是一个非常显赫的位置，意味着他不仅需要管理江苏、安徽、江西三省的地方政务，还要继续统筹南河事务，确保长江流域的水利安全。这一任命是对高晋之前在治河工作中所取得成绩的高度认可。
在两江总督任内，高晋不仅继续推进水利建设，还积极介入地方政务和社会管理。他深知，良好的地方治理是治河成功的关键因素之一。因此，他致力于改善地方治安，推动经济发展，特别是在农业生产和商业贸易方面做了大量工作。同时，他也重视教育文化事业，提倡儒学，鼓励读书人投身于国家建设之中。