随着在西宁等地的出色表现，杨应琚的政绩逐渐引起了朝廷的关注。他勤政爱民的形象和处理政务的能力为他赢得了广泛的赞誉。进入乾隆时期后，杨应琚的职业生涯迎来了新的高峰。乾隆皇帝对他的能力给予了充分的信任，并在1754年任命他为两广总督，这是他从地方官员晋升为封疆大吏的重要一步。
两广总督是一个极具挑战性的职位，它涵盖了广东和广西两省，不仅需要管理庞大的行政区域，还肩负着维护边疆安全、促进经济发展和协调民族关系等多重任务。在这个职位上，杨应琚充分发挥了他的治理才能。他深知边防的重要性，因此加强了对广东沿海地区的防御，以防备海盗和其他外来威胁。同时，他还致力于改善内部治安，打击犯罪活动，确保了两广地区的社会稳定。
为了促进地方经济的发展，杨应琚推行了一系列改革措施。他鼓励农业生产，改善灌溉系统，增加了粮食产量。同时，他还关注手工业和商业的发展，支持市镇经济，鼓励商人进行贸易活动。这些措施有效地推动了两广地区的经济增长，提高了人民的生活水平。
在杨应琚担任两广总督期间，他还特别注重教育和文化建设。他倡导建立更多学堂，鼓励民间子弟接受教育，希望通过提高民众的文化素质来推动社会进步。他还支持修缮庙宇和历史建筑，保护文化遗产，弘扬传统文化。
由于在两广总督任内取得了显着的成绩，杨应琚继续得到朝廷的信任和支持。随后，他被调任为闽浙总督，继续在东南沿海地区发挥重要作用。闽浙地区同样面临着海上安全和经济发展的问题，杨应琚在这里延续了他在两广时期的政策，并根据实际情况进行了调整和完善。
在闽浙总督任上，杨应琚继续加强海防建设，确保沿海地区的安全稳定。他还积极推动海洋贸易，鼓励与海外国家的交往，促进了对外贸易的发展。此外，他还关注民生工程，如水利建设和灾荒救济，这些措施都得到了当地百姓的高度评价。
之后，杨应琚又被调任为陕甘总督，这是一个更为重要的职位，因为它涉及到更为广阔的地域范围，包括了陕西和甘肃两个省份。在这个新的岗位上，杨应琚面临的挑战更大，但他的经验和能力使得他能够迅速适应，并继续展现出卓越的领导力。他在这里继续加强边防建设，改善地方治理，并推动经济发展。