乾隆十八年（1753年），淮阳地区遭遇严重洪涝灾害，庄有恭第一时间亲自前往灾区，安抚灾民情绪，了解灾情，并迅速向朝廷报告灾情，请求紧急救援。在得到批准后，庄有恭组织向灾区发放粮食一百二十万石，帑银五百万两，确保灾民能够渡过难关。面对灾难，他没有选择逃避责任，而是勇于担当，自责未能更好地预防灾害的发生，展现出了一位负责任的地方长官应有的态度。
到了乾隆二十年（1755年），江南地区再次遭受洪涝侵袭。这一次，庄有恭采取了更为积极主动的措施。他上书朝廷，提出了详细的救灾计划，并强调了赈灾款项必须严格管理，防止贪污腐败现象的发生。为此，他派遣专人监督赈灾物资的发放，确保每一笔款项都能真正用在灾民身上，而不是落入某些不法分子的口袋。这一举措有效地保障了救灾工作的顺利进行，同时也赢得了百姓的信任和支持。
洪灾过后，疾病往往随之而来。乾隆二十一年（1756年）夏季，疫情在民间蔓延，庄有恭不仅亲自指挥防疫工作，还慷慨解囊，捐出自己的俸禄用于购买药品，免费发放给患病的民众，并安排医疗人员为他们诊治。对于不幸因病去世的人，他也安排妥善安葬，避免疫情进一步扩散。
四、长于治水
庄有恭不仅以其卓越的文学才华成为清代首位出自广东的状元，更以其在治水方面的成就而闻名遐迩。乾隆十七年（1752年），他被任命为两江总督，负责江苏、江西、安徽三省的军政事务。此时，乾隆皇帝高度重视水利建设，将其视为国家治理的关键环节之一。江浙地区作为全国重要的财赋之源，却长期遭受海潮的威胁，尤其是杭州至海宁一带，潮灾频发，对当地居民生活造成了严重影响。庄有恭深知水利对于民生的重要性，上任之初便着手筹划修筑海塘，以减轻海潮带来的危害。他向朝廷请求拨款，利用这笔资金修筑了太仓、镇洋的海堤，有效地保护了当地居民的生命财产安全。
1759年，庄有恭被调往浙江担任巡抚，他立即投入到了当地的水利调研之中。绍兴宋家楼位于三江交汇之处，是海潮上涨的关键节点。庄有恭认识到此处的重要性，建议将原有的海塘改造为堤坝，以增强防护功能。在得到朝廷的支持后，他组织民众进行大规模的水利工程建设，不仅修复了受损的堤坝，还新建了一系列的防御设施。这些努力不仅改善了当地的水利条件，也为庄有恭赢得了广泛的赞誉。