其次，人力资源的匮乏成为制约大齐政权巩固的一大瓶颈。起义军虽人数众多，但在长期的流动作战中，伤亡损失严重，且缺乏有效的兵员补充机制。此外，由于战争对社会生产力的破坏，大量劳动力丧失，农业生产与社会服务功能难以正常运转，这对政权的统治基础构成了威胁。
与此同时，唐朝残余势力并未消亡，他们在各地组织起反扑力量，对大齐政权进行持续不断的骚扰与攻击。尤其是长安城被唐军重重包围后，对外交通线被切断，物资供应陷入极度困境，黄巢政权犹如孤岛，难以得到外部支援，内部人心浮动，统治危机日益凸显。
中和三年（883年），面对内外交困的局面，黄巢不得不作出战略调整，决定退出长安，希望通过东进攻占蔡州（今河南汝南）与围困陈州（今河南淮阳），重新积聚力量，扭转战局。然而，这一决策并未能带来预想中的转机。起义军在陈州陷入了长达三百天的艰苦围城战，期间遭遇守军的顽强抵抗，加之天气恶劣、疾病流行等因素，起义军的战斗力与士气严重下滑，人员损失惨重。
在此关键时刻，沙陀族将领李克用率精锐骑兵加入战局，对黄巢起义军形成了致命打击。李克用麾下的沙陀军以勇猛善战着称，他们装备精良、训练有素，与疲惫不堪的起义军形成鲜明对比。在沙陀军的猛烈攻势下，黄巢起义军的防线迅速崩溃，主力部队几乎被瓦解，剩余力量四散逃亡，起义事业由此步入绝境。
四、末路悲歌：狼虎谷的终结与起义余波
中和四年（884年），黄巢领导的农民起义已进入风雨飘摇的最后阶段。面对唐军的强势反扑与地方武装的联合绞杀，黄巢带领残部艰难地退至泰山狼虎谷。此时的起义军早已不复当年攻占长安时的雄风，人数锐减，士气低落，且深陷敌人的重重围困与紧追不舍之中。在这场决定命运的决战中，黄巢的结局笼罩着神秘与争议。
一种广泛流传的说法是黄巢在激烈的战斗中，眼见大势已去，选择了以身殉义，自杀身亡，以此保全尊严，避免被敌人俘虏受辱。这种说法符合黄巢作为起义领袖坚韧不屈的形象，符合古代许多英雄人物在绝境中以死明志的传统。
另一种说法则更为戏剧性，称黄巢并非死于自杀，而是被其亲信、外甥林言所杀。关于林言的动机，历史上并无确凿记载，推测可能出于对战败的绝望、对个人安危的考虑，或是受到外部压力而背弃黄巢。无论哪种情况，这种亲属间的背叛无疑增添了黄巢悲剧色彩，也反映出起义后期内部矛盾的尖锐与混乱。