然而，尽管海都与阿里不哥的联盟初期取得了一定的军事优势，但最终未能抵挡住忽必烈的强大攻势与政治智慧。1264年，阿里不哥承认失败，向忽必烈投降，这标志着汗位争夺战以忽必烈的胜利告终。海都面临着选择：要么接受忽必烈的统治，要么继续抗争。他选择了后者，撤退至自己的封地叶密立河畔（今哈萨克斯坦东部），在那里，他开始积极整军经武，笼络人心，为未来的挑战积聚实力。
三、再起风云：对抗察合台汗八剌
面对海都日益增长的威胁，忽必烈采取了一系列政治与军事措施，试图削弱其势力，维护帝国的统一。其中一项重要策略是利用察合台汗国的力量来平衡和遏制海都。1266年，忽必烈任命八剌为新的察合台汗，期望借助八剌的力量来牵制和削弱海都。八剌起初表现出对忽必烈的忠诚，但这股外力的介入并没有达到预期的效果，反而激化了地区矛盾。
海都，凭借其在中亚地区的深厚根基和广泛的人脉，迅速作出了反应。他不仅没有被八剌的就任所震慑，反而利用了察合台汗国内部的不满情绪以及与其他宗王的复杂关系，进行反制。海都在术赤家族后裔的支持下，与八剌进行了直接的军事对抗，并取得了胜利。这一战果不仅挫败了忽必烈的制衡计划，还使得海都与八剌结成了同盟，形成了对中央更加有力的挑战。
八剌的失败和与海都的结盟，不仅强化了海都的军事实力，更重要的是，它象征着蒙古帝国西部地区对忽必烈中央权威的公开反抗。这种反抗情绪在八剌去世后，由其子都哇继承并发扬光大。都哇继任察合台汗位后，继续与海都保持联盟，共同对忽必烈的统治提出挑战。他们的联手行动，包括多次联合出兵、攻城掠地，进一步加剧了蒙古帝国的内部分裂，使得原本就已紧张的帝国内部关系更加恶化。
四、忽必烈的应对与内乱
为了应对西部不断升级的挑战，尤其是海都与都哇联盟对帝国西部稳定的威胁，忽必烈采取了重大举措，于1279年派遣自己的皇子那木罕出镇阿力麻里，这一举动旨在通过皇室亲征来加强边疆的军事存在，同时展示中央对西部地区的重视与控制。那木罕的出征，随行的还有大量精锐部队，显示了忽必烈平定叛乱的决心和力度。