至正二十三年（1363年），双方的冲突达到了顶峰，爆发了着名的鄱阳湖大战。这场战役是元末乃至中国历史上规模空前的水战，其结果直接决定了江南的归属。陆仲亨在这场决定性战役中扮演了至关重要的角色，他作为朱元璋军队的前驱，率领精锐部队冲在最前线，以雷霆万钧之势，直面陈友谅的强大舰队。在激烈的战斗中，陆仲亨不仅展现了其过人的勇猛，更在战术运用上展现了高超的智慧，多次组织突袭和反击，有效打击了敌方的士气和力量，为朱元璋军队赢得了宝贵的战略优势。
鄱阳湖之战，经过多日的激烈搏杀，最终以朱元璋的大获全胜告终，陈友谅在这场战役中丧命，其庞大的势力瞬间土崩瓦解。陈友谅之死，不仅标志着朱元璋扫除了统一江南的最大障碍，也为后来明朝的建立清除了最后一个强大的竞争对手。陆仲亨在这一过程中所展现出的英勇与智谋，无疑是对朱元璋事业的巨大贡献，他不但是战场上的勇士，更是朱元璋信任的臂膀。
陈友谅死后，其残余势力虽然四处流窜，但已成强弩之末。陆仲亨继续承担着平定陈友谅残部的重任，通过一系列精准而有力的军事行动，逐步肃清了这些残留的反抗力量，确保了朱元璋在江南地区的全面掌控。
四、征服岭南，巩固边疆
至正二十四年（1364年），随着朱元璋势力的不断壮大，其目光转向了更广阔的南方地区，意图彻底稳固江南并进一步向岭南推进。同年八月，陆仲亨与另一位杰出将领常遇春联手，共同承担起了攻取赣州的重任。赣州，作为赣南地区的军事重镇，地理位置险要，控制着通往岭南的咽喉要道，其战略意义不言而喻。
面对赣州坚固的城防和熊天瑞这位悍将的坚守，陆仲亨与常遇春展现了卓越的军事协作能力。他们一方面采用正面强攻，利用精良的装备和训练有素的士兵，对赣州城发起一轮又一轮的猛烈攻势；另一方面，又巧妙运用心理战术和外交手段，分化敌军内部，削弱其抵抗意志。经过数月的艰苦围城，终于在次年元月，即至正二十五年（1365年）初，迫使赣州守将熊天瑞认清形势，选择开城投降。这一胜利，不仅标志着朱元璋势力在南方的进一步扩张，也为后续的岭南征服打下了坚实的基础。
战后，鉴于陆仲亨在攻克赣州中的出色表现及其对军事管理的独到见解，朱元璋任命他为赣州卫指挥使，负责整个岭南北新近归附地区的军事管理。这一任命，既是对陆仲亨个人能力的肯定，也是对他在军事战略层面的信任。陆仲亨不负众望，迅速投入到新区域的治理工作中。