然而，正当孙燧的仕途稳步上升之际，却接连遭受父丧、母丧的打击，不得不暂别官场，遵行丁忧之制。直至正德六年（1511年），丧期满后，孙燧复职，被任命为刑部湖广司郎中。彼时正值权阉刘瑾弄权，司法体系深受其害，诸多判决受其影响，偏离公正。孙燧在此逆境中坚守原则，于朝审之时，通过与杨一清的合作，揭露真相，力促释放被冤之囚，此举不仅彰显了其正直与勇气，也让杨一清对其更为敬重。同年十二月，孙燧升任福建右参政，负责督储粮草，他巧妙施策，革弊立新，既保障了军需，又减轻了民众负担，还核实战功，惩治贪滥，增设学田，展现了卓越的行政能力与民生关怀。
正德八年至九年（1513-1514年），孙燧的仕途几经辗转，从贵州按察使的初步任命调整为山东按察使。无论在贵州还是山东，孙燧皆以其高效的断案能力和清廉的官声着称，使得两地司法清明，狱无滞囚，深得民心。
正德十年（1519年）五月，孙燧的官职再次跃升，被任命为河南右布政使，这是对他多年政绩的肯定，也是其职业生涯中的重要节点。在河南，孙燧面临更为复杂的局面和挑战，但他一如既往地秉持公正，以民为本
三、巡抚江西
正德年间，江西政局动荡，宁王朱宸濠图谋不轨，密谋叛乱，其势力渗透朝廷，官场风气为之一变。前任巡抚王哲、董杰等或遭毒手，或因故离职，导致江西巡抚一职几成烫手山芋。面对这一危机局势，朝中重臣杨一清与陆完深知江西巡抚人选至关重要，需一既有胆识又具智谋之人担当。杨一清在众多候选人中慧眼识珠，力荐孙燧，认为其无畏强暴，能妥善应对复杂情势。[43]
孙燧临危受命，深知此行凶险，将家人送回故乡，仅携二仆前往江西，展现了视死如归的决心。抵达江西后，面对朱宸濠日益明显的反叛迹象和其在南昌的嚣张气焰，孙燧不动声色，严加防范，以防信息泄露。他一方面尝试以忠义劝说朱宸濠迷途知返，另一方面则暗中与副使许逵共谋对策，加强军事部署，以防万一。孙燧预见到直接上奏可能无果，便以防御盗贼为由，悄然加强各战略要地的兵备，包括在进贤、南康、瑞州等地屯兵，设立安义县以削弱盗贼势力，恢复饶、抚二州兵备，强化九江的军事控制力，并提议在关键位置增设官员，以加强对朱宸濠潜在威胁的监控。此外，他还机智地转移兵器，以防被朱宸濠利用。[9]