登基后，明世宗立即着手解决生父的尊号问题，这成为“大礼议”的核心。以杨廷和、毛澄为代表的朝臣坚持传统礼法，认为朱厚熜应全盘继承孝宗体系，尊孝宗为皇考，而张璁等新晋官员则提出“继统不继嗣”的理论，支持朱厚熜尊生父为皇考。这场争论持续多年，期间朝臣意见两极分化，多次 上 疏 争辩，甚至有官员因此被罢免或惩处。
面对强大的朝臣阻力，明世宗并未退让，他逐步提升生父的地位，先是追尊为兴献帝，后又在嘉靖十七年（1538年）将其追尊为睿宗，并将其牌位升入太庙，位序在武宗之上，正式确立了生父的皇统地位，同时改兴献王墓为显陵。这一系列举措标志着“大礼议”以明世宗的全面胜利告终，不仅解决了皇统问题，也体现了皇权对朝臣势力的压倒性优势，强化了皇帝的绝对权威。
三、力革时弊
明世宗朱厚熜即位之初，面对明武宗留下的朝纲紊乱、弊政丛生的局面，他果断采取了一系列改革措施，力图恢复国家的稳定与繁荣，史称“嘉靖新政”。
在政治层面，朱厚熜首先对前朝遗留的问题进行清理，如重新启用那些因直谏而遭贬谪的官员，减轻百姓负担，减免田租和豁免部分赋税，以此赢取民心与士大夫的支持。他严惩贪腐，诛杀前朝宠臣钱宁、江彬等人，释放内苑珍稀动物，禁止地方官员进献奇珍异宝，这些行动有效遏制了奢侈风气，表明了新君主整顿朝纲的决心。同时，朱厚熜大力限制司礼监权力，撤销镇守太监，严格区分厂卫与法司的职能，避免了宦官干政，加强了中央集权，重用了张璁、夏言等有能力的大臣，显示出他对于人才的重视与选拔上的公正。
经济方面，他深入调查并清查皇庄和勋戚庄园，归还被侵占的民田，这一举措在一定程度上缓解了土地兼并问题，有利于农业生产和民生稳定。面对土地失额的严峻形势，明世宗批准了桂萼的建议，开始了赋役制度改革的初步尝试，虽然因桂萼离职而未能全面铺开，但“一条鞭法”的雏形已经显现，为后来的赋税改革奠定了基础，促进了社会经济的发展。