紧接着，谭纶的军事行动转向福建。嘉靖四十一年（1562年）六月，谭纶被调整职责，负责福建地区的粮草供应。此时，福建虽然相较于之前已相对平静，但谭纶深知和平的脆弱，故而以地方局势稍有安定为由，请求回家完成对父母的丧葬之礼，朝廷体恤其忠孝之心，批准了他的请求。同年十月，鉴于谭纶在平定张琏残部及江西流寇中的杰出表现，朝廷给予了丰厚的赏赐，这是对他卓越军功的肯定，也是对其忠诚与牺牲精神的高度赞扬。
三、辖治福建
正当谭纶在家丁忧期间，东南沿海的抗倭斗争仍在激烈进行。浙江倭患虽得缓解，福建却又陷入了前所未有的危机之中。嘉靖四十一年（1562年），倭寇势力在福建迅速膨胀，连克数城，给当地带来了深重的灾难。在这危急时刻，朝廷意识到谭纶的军事才能对于平定倭乱至关重要，于是决定再次启用他，于嘉靖四十二年（1563年）三月任命其为都察院右佥都御史、福建巡抚，赋予其领导协调各方军事力量的重任。
谭纶一到任，即面临严峻挑战。倭寇占据崎头城，福建多地沦陷，形势岌岌可危。面对此情此景，谭纶迅速与戚继光、俞大猷、刘显等名将共商对策，制定了周密的作战计划。他们首先在海道上设置栅栏，切断倭寇的海上退路，然后以戚家军为主力中军，俞大猷、刘显的部队分列左右两翼，形成合围之势。四月，决战在即，谭纶指挥有方，各部配合默契，最终在平海卫一役大获全胜，斩敌数千，解救民众数千人，重挫倭寇锐气，光复失地。这场胜利极大振奋了民心士气，为后续的抗倭斗争奠定了坚实基础。
谭纶不仅在战场上运筹帷幄，战后亦不忘民生与重建。他鉴于福建部分地区因战乱而残破，奏请朝廷减免赋税，给予民众休养生息的机会，并沿用旧制，设立水寨，加强海防，同时推荐戚继光为总兵官，巩固战果。这一系列举措，显示了谭纶在军事之外的治理才能，为福建的恢复与发展做出了重要贡献。
然而，和平并未长久。同年十一月，倭寇再度围攻仙游，谭纶再次调度有方，命令戚继光领兵救援，采用各个击破的战术，彻底消灭了倭寇。至嘉靖四十三年（1564年），在谭纶的统筹下，戚继光等继续取得王仓坪、蔡丕岭之战的胜利，倭寇势力在福建乃至广东被基本肃清。