一、扫荡倭寇
嘉靖年间，倭寇的侵扰成为明朝东南沿海的一大威胁，肆虐的海盗不仅掠夺财物，还残害百姓，严重影响了社会安定与经济发展。王崇古，这位嘉靖二十年（1541年）的进士，在担任兵备副使期间，展现出了卓越的军事才能和坚定的抗倭决心。
王崇古在常镇（今江苏常州一带）任兵备副使时，面对猖獗的倭寇，他没有选择避战，而是主动出击。在夏港，他精心部署，利用地形优势，对倭寇发起了突然袭击，打得敌人措手不及。此次战斗，王崇古的军队凭借着精准的战术和高昂的士气，一举击溃了倭寇，取得了重大胜利。
倭寇在遭受重创后，企图逃离战场，但王崇古并未给敌人喘息之机。他迅速组织追击部队，紧随倭寇之后，一路追至靖江。在靖江，王崇古再次展示了他的军事才能，指挥军队对残余倭寇进行了围剿，确保了这次抗倭行动的彻底性。靖江之战，不仅消除了倭寇的威胁，也极大鼓舞了当地民众的士气。
在陆地上取得胜利后，王崇古并未满足，他深知要根除倭患，还需控制海洋。于是，他与当时的名将俞大猷联手，共同策划海上追击行动。他们多次出海，寻找倭寇的踪迹，对其进行精准打击。在一系列的海上战斗中，王崇古和俞大猷的联合作战，使得倭寇无法在沿海地区立足，大大削弱了其侵扰的能力。
王崇古在抗倭斗争中的英勇表现，得到了朝廷的高度认可。他因此被晋升为陕西按察使、河南右布政使等要职，其影响力也随之扩大。
二、镇守陕西
嘉靖四十三年（1564年），正值边疆动荡之时，王崇古受命出任右佥都御史，巡抚宁夏，肩负起守护边疆的重任。他不仅深谙兵法，还重视实地考察，对宁夏边塞的险要地形进行了详尽调研，为后续的防御策略奠定了基础。王崇古亲自督修战守工事，强化边防，同时积极侦察敌情，采取分化瓦解敌军的策略，一旦时机成熟，即率军主动出击，直捣敌巢。正是这一系列举措，使得宁夏在周边地区遭受侵扰时，“独完”无损，彰显了王崇古卓越的军事领导能力。