吕兆熊的政绩和人品最终得到了朝廷的认可，他被召回京城并获得晋升。当他离任的消息传出，昆山县的百姓自发聚集在街道上，哭泣着挽留这位深受爱戴的好官。百姓们的泪水和不舍，是对吕兆熊辛勤付出的最好回报，也是对他政绩的高度肯定。
后世的昆山百姓将吕兆熊视为神明一般的存在，表达了对他的无限敬仰。在清朝初年编纂的县志中，吕兆熊被尊为名宦，其事迹被永久记载，成为了后人学习的楷模。
三、边陲平叛乱
万历二十年（1592年），正值明朝边境动荡不安之际，吕兆熊以其卓越的军事才能和坚定的政治立场，被擢升为兵科给事中，承担起辅助皇帝处理军事奏章的重任。宁夏的叛乱如同一道裂痕，迅速蔓延至宁、陕等地，边陲告急，朝廷为之震惊。吕兆熊临危受命，前往边疆，发布文告，积极备战，打造武器，购置战马，一系列举措彰显了他应对危机的果断与智慧。
宁夏的叛乱源头在于致仕副总兵哱拜，这位蒙古鞑靼人以粮饷发放不及时为借口，煽动士兵叛变，杀害巡抚党馨与副使石继芳，夺取符印，与河套地区鞑靼部勾结，攻取河西四十七堡，使得局势急剧恶化，威胁到了西北的安定。吕兆熊深知，若不及时平叛，后果不堪设想。
三月初八，吕兆熊率领李如松、麻贵等精锐部队前往宁夏，采取迂回战术，未直接进攻叛军重镇银川府，而是先驻扎于相对稳定的灵武城，这里距离银川仅40公里，隔黄河相望。在灵武城，吕兆熊集结兵力，制定策略，等待时机。他拒绝了决黄河水灌城的提议，坚持认为应以减少百姓伤亡为原则，主张围而不攻，等待叛军粮草耗尽。
初夏的一天，叛军首领哱承恩带领200余精锐外出抢粮，落入吕兆熊精心布置的陷阱。在通往叛军必经之路的峡谷中，吕兆熊预先放置了装有信鸽的银匣子，一旦叛军接近，信鸽便会飞出，向官军传递信息。当叛军进入峡谷，官军占据高地，利用地形优势发起突袭，大石如雨，叛军措手不及，损失惨重。首领哱承恩身负重伤，叛军自此不敢轻举妄动，固守城内，内外交困。
叛军内部开始出现分裂，刘东旸杀害了土文秀，哱承恩又杀了许朝，随后周闰柱又将刘东旸杀害，军心大乱。吕兆熊抓住叛军内讧的机会，一举攻破银川城，迫使叛军投降。乱首哱拜阖门自尽，哱承恩等主要叛军头目被擒，宁夏之乱终被平定。
吕兆熊的军事才能和政治智慧在这场平叛战役中展现得淋漓尽致，他不仅挽救了西北边疆的危机，也为明王朝立下了赫赫战功。万历帝对其嘉奖有加，吕兆熊的官职因此屡次晋升，成为当时备受推崇的军事家和政治家。平定宁夏叛乱，不仅是万历朝的一项重大军事行动，也成为了明朝历史上一段佳话，吕兆熊的名字也因此被载入史册，成为后世歌颂的英雄。