一、嘉靖时期
嘉靖十三年（1534年），七月二十一日午时，王锡爵出生于太仓州一个书香门第，其父王梦祥为南京国子监监生，母亲吴氏出身于富裕之家。王锡爵的降生伴随着一群雀鸟在他家楼中鸣叫，当地人认为这是吉祥的征兆，因而取名为“锡爵”，寓意着高官厚禄的未来。
嘉靖十七年（1538年），王锡爵开始接受教育，展现出了惊人的记忆力，被称为神童。次年，他不幸感染痘症，病情危急，幸得母亲吴氏日夜守护照料，最终得以康复。
嘉靖十九年（1540年），王锡爵随父迁居至海滨，期间遇到了家族内兄弟争夺家产的纠纷。一名兄弟试图通过贿赂王锡爵来争取其父的支持，但王锡爵毅然拒绝并将银子丢入河中，表现出极高的道德标准。
嘉靖二十四年（1545年），王锡爵在一次清晨读书时，突然写下了“会元”两个字并贴于房梁上，这似乎是对自己未来学术成就的预感。果然，一年后，年仅十三岁的王锡爵补博士弟子员，成为秀才，并因穿着破旧的青布鞋而受到督学御史冯天驭的关注。冯天驭起初误以为王锡爵家境贫寒，但在得知其家境富足后，对王锡爵的节俭与谦逊表示赞赏。
嘉靖三十年（1551年），王锡爵与嘉定人朱氏结婚，朱氏是黄县知县朱邦臣的女儿。次年，他在科试中成绩优异，文章被士人们视为典范，印刷成册广为流传。嘉靖三十四年（1555年），王锡爵在科试中再次取得第一名的成绩。
嘉靖三十七年（1558年），王锡爵参加了南京应天乡试，以《春秋》科目获得第四名。同年十一月二十一日，他的次女王桂（即昙阳子）出生。四年后，王锡爵赴礼部会试，被大学士袁炜和礼部右侍郎董份定为会试第一，即会元；在廷试中，他获得第二名，被授以翰林院编修的职务。同年九月初九，王锡爵的儿子王衡出生。
嘉靖四十四年（1565年），王锡爵完成了三年的考核期，朝廷对其家族进行了封赏，包括其父王梦祥被封为编修文林郎，其母吴氏和妻子朱氏分别被封为太孺人和孺人。这年会试时，王锡爵被任命为房考官，但由于其弟王鼎爵参加考试，他为了避嫌，主动请求辞职。之后，王锡爵被派往开封公干，顺道归家为父亲庆祝五十岁大寿。
二、隆庆时期
隆庆元年（1567年），王锡爵被提升为经筵讲官，负责向皇帝讲解经书典籍。由于讲解生动、见解独到，他赢得了皇帝和内阁的嘉奖，显示出其在学问上的深厚造诣以及在朝堂上的影响力。