一、早年经历
方从哲，字汝愚，号中涵，出生于明嘉靖四十一年（1562年），是浙江德清县人，但在户籍上属于直隶顺天府锦衣卫军籍。他自幼勤奋好学，专注于《诗经》的研究，才华横溢，以顺天府学增广生的身份，在万历十年（1582年）的顺天乡试中脱颖而出，名列第81。紧接着，方从哲在万历十一年（1583年）的会试中，取得了第300名的成绩，随后在殿试中荣获二甲第30名，从而被授予翰林院编修的职位。
方从哲的文采斐然，他的文章深受首辅王锡爵赏识，甚至被收录入文选，成为学子们的楷模。在东宫讲学期间，方从哲多次上书神宗，坚决维护太子（未来的明光宗）的地位，展现了他的忠诚与远见。[3]他的政绩与学识得到了认可，被擢升为从四品朝列大夫，担任过国子监司业、祭酒等职，期间他还上书请求停止开矿收税，这一主张与东林党和浙党相契合，体现了他关注民生的一面。
然而，方从哲的正直性格也给他带来了麻烦。当司礼监秉笔太监田义试图让自己的侄子不经正当程序获得官职时，方从哲坚决拒绝了这一要求，这引发了田义的不满，后者威胁要整治方从哲。为了避免不必要的纷争，方从哲选择了辞职归隐，开始了长达十多年的闲居生活。
在家闲居期间，方从哲并未与世隔绝，反而扩大了自己的社交圈子，声望日益提升。东林党领袖叶向高非常赏识方从哲，多次举荐他续修玉牒、出任礼部左侍郎兼翰林院侍读学士，但方从哲并未立刻接受这些职务。
万历四十一年（1613年），朝廷面临严重的官员短缺问题，尤其是找不到合适的人选来主持会试。在这一关键时刻，叶向高再次举荐方从哲，希望他能出任礼部右侍郎，协助主持会试。经过叶向高的多次上书，明神宗最终决定委任方从哲为吏部左侍郎，与叶向高一同主持会试。
然而，神宗的这一中旨任命引起了言官的反对，因为这与吏部的推荐名单不符。面对压力，方从哲提出辞呈，但神宗坚持己见，执意任命他。方从哲此次复出，不仅预示着他将面临的复杂政局，也为他日后成为内阁首辅的道路埋下了伏笔，昭示了他未来职业生涯的坎坷与挑战。
二、成为独相
方从哲的复出并非偶然，而是基于当时内阁的特殊需求。万历四十一年（1613年），叶向高作为内阁中唯一的阁臣，曾多次上书请求增补阁员，却始终未能得到神宗的回应。[1]这一局面使得内阁的运作陷入困境，决策效率大大降低。然而，当方从哲重新踏入政坛，明神宗似乎看到了解决内阁人员短缺问题的契机，迅速下令增补阁臣。