在担任要职期间，朱国祚多次上书，提出了多项旨在稳定国内局势的政策建议。他强调必须安定民心，认为这是国家抵御外侮的基础；同时，他还主张改善狱政，清理冤狱，以公平公正的司法来增强民众对政府的信任。这些措施在当时被视为非常重要的稳定国内秩序的手段，也是对抗外敌入侵不可或缺的内部支撑。
三、内忧外患，退隐归田
朱国祚在明末政坛上的直言与正直，虽然赢得了朝野的尊敬，但也使他成为了某些朝臣的眼中钉。在经历了抗倭援朝的风浪之后，朱国祚的仕途遭遇了意想不到的挫折。万历后期，朝中风气渐趋腐败，一些官员利用各种手段排挤异己，维护自己的权力和利益。
在这样的背景下，御史汤兆京对朱国祚发起了弹劾，指控他“纵酒逾检”，即生活放纵，违反了官员应有的道德规范。这一指控看似针对个人行为，实则暗含政治斗争的意味。在当时的政治氛围中，任何可以用来攻击对手的借口都不会被轻易放过。朱国祚的直言和刚正不阿，使得他成为了某些人急于清除的对象。
面对这样的局面，朱国祚选择了主动退让，他引咎辞职，回到了家乡吴江，开始了长达十八年的隐居生活。虽然离开了政治中心，但朱国祚的心从未真正离开过国家大事。在家乡的日子里，他仍然密切关注着朝政的动向，对国家的未来充满担忧。这段退隐归田的生活，对朱国祚而言既是无奈的选择，也是对个人操守的坚持。
在这段时间里，朱国祚的生活变得异常低调，他远离了京城的繁华与喧嚣，过上了与世无争的日子。他将精力投入到读书、写作以及与亲友的交流中，同时也不忘关心民间疾苦，尽力帮助乡邻解决困难。朱国祚的退隐并非彻底的避世，而是以另一种方式继续实践着他的人生理想和政治理念。
四、复出朝堂，辅佐新帝
泰昌元年（1620年），明光宗朱常洛即位，标志着朱国祚仕途生涯的转折点。朱常洛对这位曾教导自己的老师抱有深厚的敬意，因此在登基之初，便迅速起用了朱国祚，任命他为礼部尚书兼东阁大学士，这不仅是对朱国祚过往政绩的认可，更是对其人品与治国才能的高度信任。