在辽东的一年中，熊廷弼不仅关注军事防御，也介入了地方军事行动的决策。他对于杜松将军的边疆行动持保留态度，但在公开场合维护了军队的士气，私下则对杜松的不当行为进行了揭露。当拱兔部落发起报复，造成大胜堡惨案时，熊廷弼严厉批评杜松，促使他被罢免，显示了熊廷弼在处理复杂军事政治问题上的果断与智慧。
更为重要的是，熊廷弼深刻意识到辽东边防的脆弱性和努尔哈赤崛起的潜在威胁，他多次上疏，呼吁朝廷加强辽东的军事建设，提出“蚤发内帑”的建议，以应对可能的危机。皇帝虽未立即采取全面措施，但同意拨款三十万两白银用于辽东的兵备整顿，这在一定程度上缓解了辽东的紧迫形势。
熊廷弼在辽东的巡按，不仅整顿了边防纪律，提升了边疆军队的战斗力，更对后世留下了深远的影响。他敏锐的政治洞察力和坚定的改革决心，使得辽东地区的军事态势得到了一定程度的改善，也为后来抵御努尔哈赤的侵扰奠定了基础。
三、首次沉浮
熊廷弼在辽东的功绩引来了朝廷的注意，其威望和能力令朝中许多人瞩目，以至于有人提议直接任命他为辽东巡抚，但熊廷弼谦逊地推辞了这一重任。万历三十九年，他被调任提督南直隶学政，这次调动背后有着复杂的党派考量，旨在避免熊廷弼进入权力中心。然而，熊廷弼的到来，给南直隶的学界带来了剧烈的变革。他以刚正不阿的态度，整顿学风，鼓励务实学问，对那些沉迷于形式主义的士子进行了严厉的批评与纠正。这种雷厉风行的作风，虽然赢得了部分寒门学子的拥戴，但也触怒了当地的权贵阶层，尤其是东林党人，他们视熊廷弼的举措为对其势力的直接挑衅。
在熊廷弼的治理下，南直隶的士风逐渐转向务实，但这也引发了一系列的矛盾与冲突。最为人所知的便是与梅宣祚、汤宾尹等人的纠葛，以及后续的芮永缙事件。熊廷弼对梅宣祚家族的不当行为进行严惩，体现了他铁腕治学的决心。然而，这一事件最终演变成一场政治风暴，荆养乔在离职前对熊廷弼的弹劾，将他推向了舆论的风口浪尖。尽管调查证实熊廷弼并无不当之处，但此事依然影响了他的仕途，使他被迫离开官场，回到家乡。
熊廷弼在家乡的几年间，远离了政治的喧嚣，专注于民生事务，如修桥筑堤，过着一种半隐居的生活。直至万历四十六年，努尔哈赤起兵，辽东局势再度恶化，熊廷弼的名字重新被提及。尽管杨镐试图阻止熊廷弼的复出，但萨尔浒之战的惨败，使得朝野上下一致呼吁起用熊廷弼。万历四十七年，熊廷弼终于被任命为大理寺左寺丞兼河南道监察御史，负责安抚辽东军民。不久之后，随着开原的陷落，熊廷弼被正式任命为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经略辽东，承担起了挽救辽东危局的重任。