从原住民的视角看，红月宇宙的历史并不算长。
6500万年前，包裹着“神印”的陨石撞击地球，导致物种大灭绝。
200万年前，某个外星种族发现了适于自己生存的海洋星球和海底的黑色神印，后因尸变体爆发，外星人濒临灭绝，但他们为了防止神印祸害其他种族，将整个星球冰冻起来，红月的聚合仪式被中断。
公元2214年，阿特曼博士发现了陨石坑里的神印，并对其进行研究，后因尸变体狂潮认为神印很危险，与试图利用神印解决能源危机的联盟政府发生冲突，被暗杀，然后被统一教当成殉道的先知。
公元2311年，联盟政府和统一教的冲突越来越大，但政府科学家还是想办法复制了几个神印，因为无法解析黑色神印的元素，复制出来的神印用其他元素代替，通体呈现红色，所以被称为红色神印。
考虑到研究的安全性和保密性，红色神印被分别安置到远离地球的殖民星球上。
神盾七号上的红色神印第一次激活，就爆发了尸变体灾难，只有红色神印周围的一小块范围可以阻止尸变体靠近（强制休眠），那片区域被称为死亡空间。
军方认为神盾七号的实验结果是失败，所有信息被封锁，红色神印和基地内的大量尸变体组合成被称为“主脑”的有机结构体。
此外，神盾七号的意外发生时，军方检测到3颗红色神印同时收到了原始神印的信号，他们顺藤摸瓜找到了冰冻星球。
公元2314年，研究人员在冰冻星球发现了外星文明和大量红色神印，他们错误地以为神印是外星人铸造的，不小心关闭冰冻装置，导致整个殖民地爆发尸变体狂潮。
察觉真相的保守派将军带头执行五号预案，清除所有跟冰冻星球有关的资料和人员，以免冰冻机器的开关落入有心人手中，再次释放红月。
此后，地球再没有收到该舰队的消息。
但将军的决断只为地球争取了200年。
之后，联盟政府洗牌（为了区分，后称联合政府），统一教势力越发壮大。
而纳米机器人首次进入的时间，便是“和谐开采公司”（简称CEC）派遣名下的行星裂解飞船“石村号”非法开采神盾七号不久。
没错，他们去挖红色神印了。
就算有正常人察觉到殖民地发生大规模自杀事件和他们挖出来的红色神印有关，也无法对抗飞船上的统一教成员。
所以石村号表面非法采矿，实际是为了运输红色神印，所有人员都算合理损耗。
一番操作下来，睡了200年的主脑醒了，开始控制尸变体袭击人类。
殖民地失守，但还是有幸存者开着紧急航天器带着尸变体进入了“石村号”。
后面就是葫芦娃救爷爷，挨个送了。
纳米机器人在失去自己的医疗官主人后，又认其男友（游戏真主角）为主，之后的剧情便转为男主视角。
2508年，收到“石村号”求救信号的CEC派遣小型搜救船“凯利昂号”前往救援，担心女友的男主随船出发。
经历了一系列利用与背叛后，失去所有队友的男主成功将红色神印送回出生地，并杀死主脑，逃出石村号。