朱载坖下令，拿出一部分到东南、湖广购买粮食，补足账面八百余万石的储粮，再将今年的京运年例银发给九边，同时补充了一部分往年欠发的军饷。
而对于这些贪赃的小吏和奸商，三法司除了数额特别巨大的要求斩立决之外，剩余的都是拟的遣戍，朱载坖将三法司所拟定的判词驳回，明确要求，贪墨千两以上的绞，贪墨三千两以上的斩，一应奸商，全部斩立决。
刑部尚书黄光昇向朱载坖上疏，认为这样杀人太多，有伤天和，请求朱载坖宽恩减罪一等，朱载坖将黄光昇训斥罚俸，要求奉诏拟来勾决，除主犯在京师正法之外，剩余的罪囚，全部送京通仓正法，着京通仓全体官吏观刑。
在血淋淋的屠刀之下，京通仓新上任的这些官吏们终于知道朱载坖不是开玩笑的，当然朱载坖也很清楚，仅仅靠杀人是解决不了贪墨问题的，要是杀人能禁止贪墨的话，那老朱就禁绝贪墨的，尤其是仓场这种地方，天量的钱粮在此储积，而这帮小吏的工食银又极少，他们不去盗卖储粮才是怪事了。
经过和内阁、王国光等人的商量，朱载坖也增加了京通仓小吏的工食银，经过这次增加之后，即便是最底层的书吏，每月俸银加上工食银时二两，再加上月粮本色一石五斗，足够一家人过上相对富足的生活了。
同时运军的待遇也要增加，在朱载坖的直接干预下，运军运输漕粮的两月，除了月粮和行粮之外，额外发给二两饷银，但是同时也要求运军不得在路上拖延，必须尽快将漕粮运输到京通仓缴纳，同时在缴纳漕粮的时候，都察院派出御史临场监督，有弄虚作假和欺压运军的，御史当即处置。
同时朱载坖还要求河漕总督朱衡保证漕渠畅通，严禁随意改兑，朱载坖严斥户部：漕运粮米，岁有常数，系祖宗成法。即遇灾伤，自有蠲省常便。近来内外官奏免，任意纷更。该部一概题复，不闻执奏，坐损国储，是何道理？嗣后概不许改折漕粮，四百万本色，务必实贮，以为军国之用也！
朱载坖即位以来掀起的第一件大案，仓场弊案，就算是到此落下帷幕，朱载坖随后开始自己即位以来心心念念的一件事情，就是南兵北调，尤其是戚继光部的北调，现在东南的倭寇稍微有所收敛，朱载坖决定将戚继光及所部戚家军调至蓟镇来，用以拱卫京师。
朱载坖向内阁透露了这个想法，但是遭到了徐阶等人的反对，兵部尚书江东也不支持调南兵北上。