所以一个精明强干的苏州知府是很重要的人选，朱载坖和内阁诸臣以及吏部商量之后，朱载坖任命户部陕西司主事蔡国熙为苏松兵备副使、苏州知府，蔡国熙是高拱的门生，高拱认为蔡国熙精明强干，又长于理财，到了地方不会被衙门小吏所欺骗。
同时，朱载坖还开始了一系列的人事调动，首先是内廷序列，黄锦以年老上疏请辞，朱载坖不允，仍令黄锦任司礼监掌印，但是令滕祥提督东厂办事官校，愿司礼监秉笔、御马监太监高忠请辞，朱载坖予以准允，以御马少监冯保接任司礼监秉笔见御马监掌印，原内官监太监李芳加司礼监秉笔，朱载坖的贴身太监刘忠也任司礼监秉笔，派南京内守备。
然后就是武将勋臣系统的调整，原辽东总兵恭顺侯吴继爵调任南京中军都督府左都督、佥书中军都督府事，任南京守备，原大同参将黑春升任辽东总兵，广东总兵俞大猷升任提督浙直等处水陆军务事，还有之前在京营任职的黔国公沐昌祚，朱载坖也下令沐昌祚出镇云南，任镇守云南总兵，佩平蛮将军印。
在朱载坖调整了东南的文武官员之后，张居正正式出镇东南 、督师南京。
在张居正启程的当日，朱载坖亲送于宣治门，同时当场颁布命令，以蓟镇分守参将吴惟忠部充张居正麾下标营，给了张居正六千兵马，作为张居正的亲兵，同时朱载坖还下达命令，锦衣卫掌南镇抚司指挥佥事严绍庭升任锦衣卫指挥使掌南京锦衣卫事。
朱载坖要整顿东南的决心已经非常明显了。
而在张居正走后，胡宗宪也向朱载坖上疏，陈述了自己对于开海的设想，胡宗宪认为，开海只通东西二洋，不得往 日本倭国，亦禁以硝黄、铜、铁违禁之物夹带出海。关于税收，进口关税基本按照两宋的税率参照执行，而对于出口关税，胡宗宪认为，执行粗、细两种税率，对于丝绸、茶叶、瓷器等外国紧缺而且利润丰厚的产品，按照货值征收十分之三的税收，而不值钱或者利润较低的产品，征收十分之一的关税。
同时对于海关官员的设置，胡宗宪也提出了自己的看法，海关在各省设分司，沿海各省设立缉私参将一员，负责统帅近岸水师快船，查缉走私，对于抓获走私的人员，比照私自通番从重处罚。
胡宗宪还建议，开海不宜全面放开，而是先开一处，如浙江的宁波，或者福建的泉州，一口通商，观其成效之后再渐次放开，这样最为稳妥。