对于朱载坖的这个想法，阁臣们认为可以与赋役改革一道在东南先试行，以观成效。最后一件事情就是眼下朝廷应该怎么处理此事了，蔡国熙遇刺，这可是大事，朝廷不能不作出反应，除了严令张居正、谭纶继续严查此案之后，朱载坖还下令升直隶巡按御史杨继盛为右佥都御史兼南直隶按察使，赴苏州慰问蔡国熙兼督办本案。
朱载坖还向蔡国熙赐药，手诏慰问蔡国熙。赐飞鱼服，同时加派锦衣卫保护蔡国熙，和内阁商定此事之后，徐阶等人就准备告退了。
徐阶临走的时候说道：“陛下既然已经应允册立太子，臣等即可知会礼部，准备相应的仪注了。”
朱载坖笑笑说道：“卿等既然如此心急，就如卿等之意吧。”
朱载坖原本不想这么快册立太子的，但是内阁和群臣多次请求，今日自己也说出了这话，朱载坖当然也不好在推辞了，就是应允了下来，册立皇长子朱翊釴为太子。
朱载坖批阅完奏疏后还为此专门去了坤宁宫一趟，将此事告知了皇后，李氏当然是十分高兴，虽然朱载坖是朱载坖的嫡长子，但是毕竟没有册立太子，李皇后的心还是有些悬起来的，现在朱载坖终于下令册立太子，此事也就算定下来了。
而隆庆元年也快走到尽头了。
隆庆元年的最后一天，在南京的张居正收到了朱载坖的上谕，对于张居正提出的赋役改革的方案基本予以同意，同时还有火耗归公一事，也令张居正在东南试行。
关于蔡国熙遇刺一案，朝廷也做了详细的指示，要求张居正、谭纶等人穷究此案，还有就是冯恩占据大量田产一案，也要详细查明回报。
张居正随即签发督师牌票，要求松江知府详查此案，回报督师衙署，同时再次严令谭纶继续剿灭太湖水匪，务必要将袭击蔡国熙的幕后黑手找出来，不查明此案，决不收兵！