胡宗宪收到上谕之后，立刻走马上任，从南京赶赴苏州，与南直隶巡抚谭纶会同一起，查办蔡国熙遇刺一案。
朱载坖在任命胡宗宪为浙直总督的上谕中也对浙直官员查办蔡国熙遇刺一案进展缓慢予以斥责，要求浙直等处的官员加紧查办本案，若是不能使得本案水落石出，朱载坖肯定会严惩南直隶相关官员的。
胡宗宪以上谕频催为由，要求谭纶加紧办理本案，对于谭纶的方略，胡宗宪认为还是太保守了，完全不知道张居正、谭纶在怕什么。
胡宗宪在东南当然是威名赫赫，胡宗宪之所以能够在东南使得士绅们极为害怕，最重要的原因就是胡宗宪在东南诸将中地位极高，无论是戚继光、俞大猷、汤克宽、卢镗、刘显等人面对胡宗宪都得俯首帖耳，当年的积威可不是开玩笑的，那是多少倭寇的狗头堆出来的。
胡宗宪对于谭纶这种施压等待东南士绅妥协的办法不以为意，这样做固然稳妥，但是见效太慢了，胡宗宪随即以浙直总督的名义发布告示，要求在背后指使水匪的士绅主动向官府自首，可以换取从轻处罚，若是逾期不自首，官府将会采取措施严厉打击背后的祸首。
胡宗宪的告示算是有些诛心，几乎可以当作官府已经认定袭击蔡国熙的就是苏州的士绅，虽然之前谭纶也是这么认为的，但是毕竟没有这样赤裸裸的说出来，胡宗宪可不管这么多，直接要求涉事士绅来自首。
胡宗宪的杀伤力可比谭纶大多了，告示一经发出，苏州的士绅们纷纷来到胡宗宪的住所求见胡宗宪，但是胡宗宪一概不见，之前你们把胡宗宪差点整死，现在胡部堂又回来了，当然要狠狠的收拾这帮士绅们了。
胡宗宪的告示发布之后，并没有士绅愿意主动自首，同时新上任的苏松镇总兵刘显也已经上任，胡宗宪命令他将苏松两镇的官军集结起来，以备不测。
既然胡宗宪的告示发出去，这些士绅们都无人将本案认领下来，那胡部堂就要用自己的方式破案了，胡宗宪和谭纶、蔡国熙商量之后认为，蔡国熙前往东山镇，虽然是在士绅们的提前策划下去的，但是蔡国熙作为堂堂一府之尊，出行肯定不可能为外人所知，所以苏州府衙内部肯定是有士绅们的奸细为之通风报信的。
胡宗宪于是向张居正的督师行辕行文，请求南京锦衣卫派员介入此案，张居正也立即指令严绍庭派出精干校尉赴苏州协助胡宗宪、谭纶查办本案。
比起谭纶的步步紧逼，胡宗宪的办法就是暴力的多了，胡宗宪直接将苏州府衙的小吏全部锁拿，一个个的拷问他们和士绅的关系，胡宗宪对于这些小吏可不客气，再加上从南京调来的锦衣校尉，胡宗宪严令锦衣卫用大刑，不拘生死，只要口供。
面对锦衣卫的酷刑，没几个人能够扛的住的，不禁开始交代他们密谋袭击蔡国熙的事情，还开始攀咬苏州府的士绅们，胡宗宪要的就是他们攀咬这些士绅，这些小吏作为苏州的地头蛇是很清楚士绅们的家底的，他们不仅攀咬这些士绅，还在大刑之下，将这些士绅用拥有的田产数量都大概交代了，毕竟士绅们要投献、诡寄、飞洒，都需要这些小吏们协助，对于士绅们的田产，这些小吏是是十分清楚的。