朱载坖在南北两直隶同时开展清丈田亩，还是震慑了不少人，没想到朱载坖上来就这么大的手笔，对准大明的两大顽疾动手，宗禄和钱粮问题一直是大明的顽疾，朱载坖当然知道自己现在的各种举动会使得很多人不满。
当务之急就是要安抚一下勋臣和宗室，朱载坖召见英国公等一众勋臣，第一是保障勋臣们赐予的田地仍然是要保留的，主要是清退投献和侵占的民田，同时朱载坖也给勋臣们增加了部分岁禄，允诺在勋臣出镇地方上会更加频繁，安抚勋臣们。
同时就是从自己的内承运库中拨出三十万两，散给各处的贫宗，也承诺会在未来的一段时间内从内承运库拨出钱粮扶持放弃爵位的将军、中尉们。
当然，朱载坖也不是一味的妥协，朱载坖在隆庆二年三月下旨，升提督蓟辽等处军务事总兵官戚继光为中军都督府左都督，太子太保，加练兵总理大臣，朱载坖宣布重建亲军上直二十六卫。
这次亲军诸卫除了从京卫的军余子弟中选取之外，朱载坖还遣锦衣校尉和御史赴九边招募为国战死的士卒遗孤，即便是身高、体力稍有不及者，也可以选取，一旦选取的遗孤，就发给五两银子的行装银，先期重建府军前卫、羽林左卫、金吾左卫、虎贲前卫四卫二万四千人。
不同于之前的募兵或者卫所军士，这次重建的亲军诸卫会采用戚继光的练兵方式，同时军饷也大为提高，朱载坖将亲军诸卫的军饷分为折色军饷和实物供给两部分，折色每月一两，是士卒们的军饷，而实物供给有米面粮油和各种副食品构成。
之前朱载坖命令在天津组织沿海卫所捕鱼，利用长芦盐场的盐腌制咸鱼，现在已经颇有成效了，朱载坖令戚继光制定详细的士卒每日所需的各种食物，定量之后以实物方式由京通仓供给士卒使用，同时以大量的咸鱼补充士卒的肉食。
武装两万多士卒，需要大量的武器装备，朱载坖决定再次扩建遵化铁厂，招募工匠，扩建炼铁炉、炼焦炉，李芳和陈矩两人都是非常勤勉的太监，他们管理天津诸厂和尊化铁厂，提升了工匠待遇，现在各厂的效率都远远好过工部、兵部的各厂。
这次重新组建亲军诸卫，朱载坖命令内府各厂为亲军诸卫打造军器甲胄等，用于装备重建的亲军诸卫。
同时朱载坖除了在那就两直隶清丈田亩之外，朱载坖还经徐阶、李春芳的推荐，以原御史赵锦为都察院右佥都御史，率领御史巡按晋、豫两省，查看清丈田亩情况，尤其是北方士绅和王府庄田，都在赵锦等人的监察之下。
同时随着苏松两府的清丈完成，朱载坖应张居正和胡宗宪的奏请，将清丈田亩、清退投献和赋役新政推广到浙直两省。