赵文华将浙直两省的精锐要回来后，当即就交给了胡宗宪和唐顺之，赵文华很清楚，自己又不会打仗，唐顺之、胡宗宪都是知兵之人，肯定比他赵文华的水平高，放手给他们指挥，赵文华这点自知之明还是有的，还有个考虑就是到时候方便推卸责任。
赵文华在安排兵力的时候，张经也在调集兵力，准备与倭寇大战一场，虽然现在张经不再是总督了，但是他还是南京兵部尚书参赞机务，可以调动南京的部分驻军。张经将操江提督下的水师悉数调来，驻泊于苏松和嘉兴附近的港口。
作为新任浙直总督，赵文华在上任后的第一件事就是筹措军费，和张经准备与倭寇大战不同，赵文华的主张是先修缮各处的城墙，防止倭寇袭扰大明的州县，减少倭寇带来的损失，所以赵文华决定在浙直沿海的州县修葺城墙，加强防备。
赵文华已经和唐顺之、胡宗宪等人商量好了，军费和修筑城墙的一共是一百三十万两，其中浙江军费四十七万两，江南五十万两，江北一十七万两，地方州县和总督各分摊一半，赵文华已经算过了，浙直等处可以加派提编一共是四十三万两，，还缺少二十万两。
这二十万两，其中十万两由两淮食盐工本银中拨出，另外十万两，赵文华也已经有的着落，就是南京兵部积贮船料银，这笔银子差不多有十万两，足够前线军需。
不过赵文华知道，现在是张经当这个南京兵部尚书，想从张经手里要这十万两肯定是不现实的，唯一的办法就是通过京师，赵文华只得向朝廷上疏索要这笔银子。
赵文华给朝廷上了一道奏疏名为请拨南京兵部结余以纾民困疏的奏疏。
赵文华奏称：自倭寇军兴以来，江南应天、苏松等处，加派兵饷银四十三万五千九百余两。国家财用耗于御虏，库藏空虗，措置实难，苟非暂为权宜之术，则无以救燃眉之急。臣等愚见，欲将各省并直隶府分未曾被兵去处，或取自官库，或暂借岁派，各分定钱粮数目， 及应接济地方，立限解送，以供军储。其各处所调人马行粮，径令本省动支仓库钱粮，照数给付。若各处解银未到，粮饷一时无措，许令各该抚按官榜示富室，谕以祸福利害，各令量出资财以助军需。
而今加派提编，数目颇大，军需刍粟，无别项可挪之财，近日不过有司便宜，量取民间。义勇水兵之差，城夫船夫之扰，军饷衣甲器械之费，无家不到，无室不空。
臣愚以为军需必不可缺，而民困尤所当纾。今又上海筑城，松江修城，估用银二十八万两，议欲半出民间，此后骚扰未有期也。况今岁田稻，上海无望，华亭半为役占，秋来会计起运之数，又不知在何处取盈也。
而今所缺者二十万两，半自两淮工本银中取，其余十万两，则议取南京兵部积贮船料银，以供军需。
今东南水陆兵粮，往往有缺至三四月不给者，军士万里捐生，日望升数之米而已，而又不时给之，心生讟语，亦何足怪?此有故矣。