经历了种种艰难险阻，神医侠女和她的徒弟娇兰、惠芝在江湖上声名远扬。然而，新的挑战却接踵而至。
一天，一封神秘的信件送到了神医侠女手中。信中提到，在遥远的边疆小镇，出现了一种奇怪的疫病，许多百姓深受其苦，当地的医者束手无策。神医侠女深知自己肩负的责任，决定带着娇兰和惠芝前往救治。
师徒三人日夜兼程，终于抵达了边疆小镇。眼前的景象让她们心痛不已，街道上弥漫着悲伤和绝望的气息，许多患病的百姓躺在简陋的草棚中，痛苦地呻吟着。
惠芝立刻投入到对疫病的研究中，她仔细观察患者的症状，翻阅古籍医书，试图找出病因和治疗方法。娇兰则负责维持秩序，安抚百姓的情绪，并协助惠芝收集药材。
经过几天几夜的努力，惠芝终于发现了疫病的根源，原来是一种罕见的毒虫所致。她根据自己所学，配制出了对症的药方。然而，药材稀缺成了最大的问题。
神医侠女决定亲自前往深山寻找所需的药材。在山中，她遭遇了各种危险，陡峭的山路、凶猛的野兽，但她凭借着高超的武艺和坚定的意志，成功地找到了药材。
有了药材，惠芝开始熬制药汤，分发给患病的百姓。在师徒三人的努力下，疫病逐渐得到了控制，患者们的病情也开始好转。
就在她们准备离开小镇的时候，却接到了京城传来的消息。原来，皇帝病重，宫中的太医们都无能为力。皇帝听闻了神医侠女的名声，特下旨召她们进宫为自己诊治。
师徒三人不敢耽搁，立刻启程回京。进宫后，面对复杂的宫廷局势和各方势力的猜疑，她们没有丝毫退缩。
惠芝仔细为皇帝诊断，发现皇帝的病是由于长期的劳累和忧思所致。她制定了详细的治疗方案，娇兰则负责守护在旁，防止有人暗中加害。