孙恩部众顿时士气大颓，刘裕一鼓作气，大破之，孙恩部众，投崖赴水者甚众，孙恩也狼狈下山，几乎只剩孤身一人，回到了大船上。
孙恩一咬牙，丹徒不打了，不跟你刘裕玩了就是，恃众整兵，径向京师。
后将军司马元显率兵一路拒战孙恩，屡战屡败，各个关口不断被攻克，会稽王司马道子更无谋略，只能日日烧香拜佛，祈祷侯庙。
孙恩渐近建康，百姓恐惧。
好在这时，谯王司马尚之，率精锐骑兵进入建康，直接屯兵积弩堂，民心稍稳。
孙恩楼船高大，又起溯风，不得疾行，经过数日才来到白石垒。
孙恩本来以为东晋诸军分散，欲快速出击，攻其不备。
没想到他晚来一步，司马尚之已经抢先一步到了建康，又闻刘牢之已经回兵，到了新洲，不敢再轻敌冒进，只好浮海北走郁洲。
宁朔将军高雅之，在郁洲迎击孙恩，那两下子根本不够看，被孙恩生擒活捉。
这时刘裕又接到命令，去郁洲征讨孙恩，刘裕马不停蹄，再次追赶孙恩而去。
咱得说，孙恩也挺闹心的，当他再次看见刘裕的时候，不知道脸色如何，估计死的心都有了！
刘裕尽帅郁州大军，这时人马够用了，别看这些兵众高雅之手里没鸟用，但是到了刘裕手中就神了，几次交战，孙恩被刘裕打得大败，孙恩灰头土脸，大军凌乱，势力从此衰弱下来。
他一想这就算完，拉倒吧，还是回海岛去吧，再一次沿海向南败逃，刘裕哪能让他轻易走脱，紧追不放，不断地咬住他的屁股死缠乱打。
十一月，刘裕追击孙恩至沪渎、过海盐，又是连续破敌，俘斩数以万计，孙恩至此，手下十余万，走死逃亡，溃散殆尽，仅余数千人。
孙恩被刘裕所迫，看看自己这几千人马，禁不住喟然长叹，遇到刘裕是自己命不好，又害怕被刘裕活捉，为朝廷俘获，最后心灰意冷，投海自尽。
数百名妓妾和信众沿海哭泣，最后皆随他投海而死，老百姓要是迷上啥，真是没办法整，孙恩即使死了，他的信众还说他没死，称他化身“水仙”了。
孙恩死后，其姐夫卢循率领余众坚持和东晋战斗，直到411年才终于被剿灭，这自然是后话。
此时还有一股势力，马上又要掀起一波更大的滔天巨浪，那就是已经是荆州刺史的桓玄，他无时无刻不在磨砺兵器，严密注视着朝廷内部的微小变化。
当他听说孙恩逼近京师，便赶紧训练部队，集结队伍，向朝廷呈上疏奏，请求带兵去征讨孙恩，其实他的意思很明显了，打孙恩是假，入主建康才是真，他可不是他父亲桓温，没那么多顾虑。
司马元显一听，差点没吓死，正不知如何是好时，传来消息，孙恩的军队被刘裕追没了，孙恩也投海自尽了。
于是，司马元显长出了一口气，以诏书制止桓玄起兵，由头没了，桓玄无奈，只好命令部队解除戒备。