刘裕摇摇头道：“我和刘毅俱有克复之功，他现在还没反，不能动他，否则天下人会不服。”
于是放走了刘毅。
刘毅真如蛟龙入海，开始大展身手，暗地里，又擅自从豫州等地抽调了一万精锐赶到了荆州，一万人马的调动，那不是三百五百，刘裕能不知道吗？但是他就是假装不知道，睁一眼闭一眼。
刘毅又看上了刘敬宣，私下拉拢他说：“我打算委屈你，给我做个南蛮长史，你想跟着我干不？”
刘敬宣几次蒙刘裕救命，一听这话都吓死了，敷衍他离去以后，都没敢隔夜啊，立刻把刘毅要反这事报告了刘裕。
刘裕看着笑，安慰道：“怎么这么害怕？咱们什么交情？总会让你老兄平安的，不要过分忧虑。”
刘敬宣能不忧虑吗？这是站队的关键时候啊，站错了，是要死人的，他爹刘牢之怎么死的，他太清楚了。
刘毅抵达江陵，很快对下属守宰等地方官进行了大规模的撤换、变动，部队也着手大规模调动，基本就是起兵了。
消息传回建康，又开始人心浮动。
也许是要做大事，心理压力太大了，刘毅突然病重，郗僧施等人一看，你这是弄啥呢？你万一死翘翘了，我们这一党还不得死无葬身之地啊！
于是劝说刘毅必须找个副手，请求朝廷派他的堂弟兖州刺史刘藩来荆州。
都这时候了，刘裕还能答应吗？
他还真是答应了，不过是假装的。
刘藩实际上并不想跟他们堂哥混，于是从广陵前往建康，朝见皇帝，他要是想造反，不直接去了江陵了吗？
但是此时的刘裕已经扬起了大刀，一旦开杀，定不留情。
刘裕用皇帝的名义下诏，公布刘毅的种种罪状，称他与刘藩、谢混等人一起谋反，罪大恶极，立刻抓住了刘藩和谢混，当即赐死。
之后东晋安帝下诏任命司马休之都督荆、雍、梁、秦、宁、益六州诸军事，出任荆州刺史，也就是取消了刘毅的番号。
又任命刘裕的另一个弟弟刘道怜，镇守京口；
任命豫州刺史诸葛长民监理太尉留府事，加封刘穆之为建武将军，辅佐诸葛长明，设置辅佐官员，防备意外，配备军事力量。
刘裕又要出征了，这次的对手是刘毅。