看着瞬间出现在自己身边的翔太，花子吓的有些不知所措，不过她还是一脸关心的说道：
“事情办完了吗？有没有受伤？”
看着花子对自己的身体左瞧瞧右看看，翔太摸了一下她的头，摇了摇头，表示自己没事。
……
随着轮船越来越远，翔太向轮船上的花子摆了摆手，正当他转身的时候，隐隐约约听到花子的喊声：
“早点回来，我会努力学习的，争取把你引上正路。”
停顿了片刻，翔太走到人们看不见的地方，消失在了原地。
……
以金黄市为目标的小智一行人乘船抵达港口的一个小镇——少女峡，这里正在举办夏日的庙会。小智三人决定在庙会好好放松，而火箭队也在庙会捡路人遗失的钱。
这时海边突然出现一位谜之美女的身影，小刚和小次郎对她立刻一见钟情。但不知为何，这个美女很快就又消失了。众人在庙会上遇见一个自称是占卜师的老婆婆，老婆婆警告小刚和小次郎近期不能接近美貌女子，否则会招致灾难降临，一度引发小霞和武藏的强烈不满。
庙会上，镇长向众人展示了一幅只在夏日庙会展出的画作，小刚和小次郎见到后十分吃惊，因为这幅画上的少女与他们在码头所见到的一模一样，镇长称此画画的是两千多年前的一位等待征夫归来的少女，而由于她一直没有等到心上人的归来，最后变成了一尊石像，而此石像至今仍伫立在海边。小刚被这个传说吸引，于是独自一人跑去了海边，直到夜深仍未归来。小智想要去找小刚，却因宝可梦中心的门禁而被乔伊阻拦。而火箭队的小次郎也被疑似谜之少女的幽灵勾引走。
次日，小智和小霞四处寻找失踪的小刚；另一边武藏和喵喵也在寻找去向不明的小次郎。双方相遇后，小刚和小次郎突然一起从房门中摔出，并且意识不清。
皮卡丘用电击使两人恢复了正常，这时占卜的老婆婆再度出现，称小刚和小次郎都已被少女幽灵附体，而自己有一种符咒可以与之对抗。无奈之下，小智等人花钱买下大量符咒贴满了整座房子，但到了晚上，少女幽灵还是出现了，并强行带走了小刚和小次郎。
追逐中，武藏用火箭弹攻击了少女幽灵却完全不起作用。而小智则用宝可梦图鉴调查出这个幽灵和之前的占卜师都是鬼斯所假扮的。之后小智用皮卡丘、小火龙、杰尼龟和妙蛙种子，火箭队派出喵喵、阿柏蛇和瓦斯弹与鬼斯对抗，但在鬼斯的变身术之下均败下阵来。逼得小霞甚至想用大蒜和十字架来对付鬼斯。混乱之中，天渐渐亮了，鬼斯声称由于幽灵宝可梦无法在白天活动，于是只能被迫消失。小智一行人和火箭队把这些事抛之脑后，愉快地参加了庙会的庆典活动。
想着原剧情，翔太坐在少女峡的边上，静静的等待着天黑。
夜晚，海洋的气息通过风传递到翔太的鼻腔当中，让倒在草地上的他清醒了起来。
不知道为什么，那座少女石像已经成了一堆废石，静静的躺在那里。
“出来吧，这么高的地方，是没有那么清新的海风的。”
随着一阵怪风吹过，一个半透明的身影出现在翔太的面前。
“挺聪明的，居然发现了我。”
翔太摇了摇头，开口说道:“不是你，或者说，本质上不是你。”