在最开始的时候，精灵宝可梦世界还是一片混沌与波动混杂，其中出现了一颗蛋，而这只蛋孵化出了精灵宝可梦世界的创世神●阿尔宙斯。
阿尔宙斯创造了宇宙，然后利用创世时的碎片形成石板，并藉由石板将不同的力量赋予万物。
在此之后，阿尔宙斯创造出帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳，然后令它们分别掌控时间、空间和反物质，同时被创造的还有金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠这三个神器，用来增强这三只神兽的实力。
其中，骑拉帝纳因整天搞破坏而被驱逐到了反转世界，留下来的帝牙卢卡和帕路奇亚则运用时间与空间的能力，成功地创造出宝可梦世界的主体。
在完成精灵宝可梦世界的创立之后，它们便返回属于它们自己的空间世界，未来只能经由神奥的枪之柱往返精灵宝可梦世界。
在精灵宝可梦世界虽然有了物质基础，却显得异常地荒芜，于是阿尔宙斯便运用属性石板的力量，创造出精灵宝可梦世界的世界之树，用以平衡精灵宝可梦世界的生态。
然后，阿尔宙斯又以自身的基因作为模板，创造出后世所有原生级精灵的基因源头，且与世界之树共生的传说精灵——梦幻。
之后，阿尔宙斯便藉由世界之树和梦幻，以较为省力的方式，创造出成规模的传说精灵族群。
急冻鸟在精灵宝可梦世界制造冰，然后由火焰鸟将其融化成水，再由闪电鸟赋予养份，借此产生最原始的单细胞生物。
在完成这项任务以后，三神鸟便分散开来，各自镇守一个地区。
在三神鸟之后，时拉比等传说精灵族群也被阿尔宙斯一个一个地创造出来，逐步地完善精灵宝可梦世界的规则。
不过，由于规则权柄过于分散的关系，这些传说精灵族群的力量并不像帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳这种独自镇守一个空间世界的神话精灵强大。
为了完善精灵宝可梦世界的规则，也为了弥补这方面的缺憾，阿尔宙斯直接演化出特定规则，并利用这些规则创造出近似于神话精灵，诞生时仅有一只存在的传说精灵，如拥有【气候】权柄的洛奇亚和拥有【轮回】权柄的凤王等等。
随后，阿尔宙斯才创造出了由克希、艾姆利多和亚克诺姆这三只传说宝可梦。
它们分别给予所有来到宝可梦世界的生灵知识、情感和意志，使得所有生命有了智慧与情感。
这三只宝可梦在被创造出来之后，就分别潜入了心齐湖、立志湖和睿智湖，被后世的人们称之为【湖之众神】。
尽管这三只传说精灵的战斗力不怎么样，但所赋予的使命却是非常重要的。