随着总督府的发展，在其体制日益完善的同时，其结构框架的组成也变得越来越复杂。
除总督府既有的本部系、五虎将等直属于总部的提督建立起来的特本部系，以及武藏和法迪默等舰娘建立起来的直本部系以外，还有特殊系、外联系与独立系等分支存在。
特殊系，指的是由多名提督联合组建起来的特殊分部、特殊支部，以及校级以上提督建立起来的公会等团体势力。
这些团体势力虽自成一体，并拥有一定的主权，却没有超脱总督府的体制范畴，尽管与本部系的提督有了明显的区别，可实际上仍属本部系的一部分。
外联系，指的则是沃徳星九大联邦与瓦尔星三大联邦一系，透过委培的方式形成的提督群体。
他们虽挂名在本部系底下，可实际上却是以其所属的本土势力为核心的友军单位，不在总督府的直接统属范围。
至于独立系的部分，指的则是沃徳星的野生提督，以及白砂星西擎洋的斯塔克这种不在总督府的体制当中，却又维持一定合作关系之提督群体。
他们虽有独立的主权，可以主掌其统治范围内之一切事务，却也失去了总督府提供的所有权益和保障，需独自面对深海所带来的威胁。
当他们在遇到无法应对的威胁，要想借助总督府的力量来处理，就必须付出相应的代价。
把所有好处都拿走，然后把所有的风险丢给总督府来承担？这是不可能的事情！
正所谓，有人的地方就有江湖，人与人之间的关系，往往不止一面，在六系提督因各自的利益诉求，相互结盟与对立的情况下，总督府现在的内部格局有多么地复杂，也就可想而知。
沃徳星这边的乌尔联邦、雅托联邦和蓝多联邦，在结合赛特姆文明的科技，整出碧蓝机娘以后，便将重心朝碧蓝机娘的部分倾斜。
其所属的提督和舰娘，本就不怎么受待见，在这样的情况下，日子就变得更加煎熬了。
要不是这三个联邦还想从总督府这边捞好处，只怕早已不再派遣适格者前往沃徳星学员就职提督和舰娘。
这也导致其所属的提督和舰娘，在沃徳星这边不仅是数量最少的，整体实力也是最差的。
随着碧海机娘的数量越来越多，终是引来了海妖塞壬的注意，从而跨越位面进入沃徳星之中，与深海争夺起了海域的控制权。
深海在沃徳星这边的实力虽然强大，可终究还是太过分散了一些，在海妖塞壬不断地涌入的情况下，渐渐地还是有部分海域落入其掌控。
当海妖塞壬在沃徳星站稳脚跟以后，便在第一时间找上了乌尔联邦、雅托联邦和蓝多联邦。
三大联邦要是对其所属的提督和舰娘好一点，派遣至沃徳星学院就职提督和舰娘的人数再多一点，这些提督和舰娘或许拦不住海妖塞壬的入侵，倒也不至于连探查都探查不到它们的存在，然后让它们长驱直入地进入其领地范围，从而造成巨大的损伤。
只是，三大联邦不仅没有检讨自己的问题，还将责任怪到这些提督和舰娘的头上，将其原本就不算多的资源供给削去大半，然后投注在碧蓝机娘上面。