第二个需要改革的部门是情报部门，情报部门这次虽然在叛乱中立下了汗马功劳，但也暴露了很多问题，这些反叛都没有提前发现提前进行预防，这让王佑安感到了危机感。他把商业调查科直接改编成为了安全总局，按州县设置了分支机构，主要功能就是对内监测官员是否有反叛的迹象，对外打击间谍和内应。涉及军事方面的情报不再放在安全总局里面，而全部归属到部队去管理，直接为部队进行服务，这一次，镇压叛乱的过程当中，卜小林表现非常出色，在征求了侯玉龙的意见之后，卜小林就成为了第一届安全总局局长。猴子还是喜欢军队，他更喜欢一些冒险的工作。由他负责军事情报部王佑安还是很放心，这情报部对内主要是监视团级以上军官的动向，防止出现大规模的叛乱，对外收集敌军信息，包括对外派出卧底，为军队提供作战情报。
这次反叛还暴露了另外一个问题，就是宣传不到位。很多士兵和民众被传言所蛊惑，被别有用心的人蒙蔽，所以王佑安在亚洲集团专门设置了宣传部，宣传部主要管理的内容是宣传教育工作和今后要发展的报纸。至于宣传主题，就是要建立一个平等，民主，富强的新社会。大明王朝现在已经风雨飘摇，各地农民起义此起彼伏，亚洲集团不再顾忌大明王朝的统治，需要的是一个名正言顺名义，占领舆论的高地。现已经准备对大明王朝的南方动手，王佑安也不想藏着掖着。要提出政治纲领，吸纳有识之士的加入。在这个时候，江南和广州一带资本主义已经开始萌芽，大明王朝的统治已经严重伤害了广州和江南地区的士绅的利益，提出这样的政治口号，肯定会得到江南地区的富豪们的大力支持，有利于下一步的进军江南。宣传部第二个工作方向是统一教育，首先要统一的是教材，整个控制区必须开办学校，在教材里面还要贯穿政治纲领，只有这样才能统一亚洲集团内部思想，思想教育要从娃娃抓起。
最重要的还是军队体系的改革，也不再设置总督。行政上设立州，根据现有情况，设立了占城州、南海州，也就是原来的琼州府，台湾州也就是大圆岛，没有占领的广州和福建都预设了福广州，浙江南京设置了江南州，江西，湖南，湖北等地设置两湖州。亚洲集团对军队的管理参照了后世管理方式，在顶层设置了总政治部，总参谋部，总后勤部，在各级军队严格按设置军事主官，政委，参谋长。军事主官只负责部队的训练和战时的指挥，政委负责部队平时的思想工作，文化教育，各级士兵考核提拔任用，参谋长负责部队的后勤以及装备。为了方便调动以及对外作战动员，必须军事主官，政委和参谋长共同签署命令，才能进行20人以上的军事行动。营级和连级，不再设置参谋长和政委，但设置指导员，和副连长。部队也不再按地域设置，而是简单的分为陆军第一集团军，第二集团军，第三集团军，第四集团军，军队的驻防地点和每个集团军的团级以上主官也进行定期轮换。海军各部没有做多大调整，设式分为南海舰队和北洋舰队，在集团总部设有海军部，陆军部，空军部，内卫部，都隶属于总政治部，总参部和总后勤部。各部队只配发训练及自身防卫用的枪支，弹药和装备，其余装备全部由后勤部直接管理，这样就形成军队里面有人，但是没有多余的装备，而后勤部门有枪支弹药，却没有军队。大规模的作战命令一律由总参谋部发出。
王佑安和李时之关上门花了一周时间才完成这改革方案起草。这种事情其他人都帮不上忙，只有他们两人才能互相商量和讨论。在人员任命上，他们就可以放一下手，他们把所有的军事构架和人员构架弄好之后，就交给了集团里面的几个副总。张武、刘二、李小虎，包括陈思远，也花了近一周时间才理出了任用名单，送给王佑安和李时之审定。实际上，几个主要人员王佑安和李时之早已定好。陈思远任南海州州长，占城州和台湾州，州长都是干部学院培养出来的，这些学生已经在各地任县长一段时间，已经积累了一些经验。第一任警察总长由皮正元担任，张武担任总后勤部部长，刘二任总政治部部长，李小虎担任总参谋部部长。海军部部长由母小鱼担任，何三九任北洋舰队舰队长，施琅转任南海舰队舰队长。陆军部部长由吴天担任，第一集团军驻扎南海州，是张武推荐的一个老部下，这人性格非常忠厚，老实，在干部学院已经经过了两三次培训，忠诚度很高。第二集团军驻扎大员岛，集团军的总司令是原来龙成云的副手，他当知道龙成云反叛自立门户时，组织军官和士兵直接把龙成云活捉。第三集团军打驻扎占城，这里有山东平叛时候吴天的助手担任。第四集团军还没有成立，按王佑安的设想，准备在第四期集团军里面设置骑兵，总司令由艾能奇担任。宣传部的任命让所有人大跌眼镜，大家都会认为，宣传部会任命一个教育系统的领导时，全部的部长确实由李时之兼任，下辖的教育部，部长是她原来的助手小雨担任，李时之还兼任《亚洲日报》的总编辑，让所有人都对宣传部刮目相看。能够得到王佑安和李时之如此重视的部门，肯定非常重要的部门，虽然很多人不知道这个部门具体干什么，作用是什么。