在六月，刘肇趁窦宪班师回朝之机，紧闭城门，收缴窦宪大将军印绶，窦氏兄弟及其党羽皆被下狱处死。自此，刘肇终于夺回政权，开始亲政。
亲政后的刘肇，展现出非凡的治国才能。他深知百姓之苦，多次下诏减免赋税，开仓赈济灾民。
“朕承先帝之业，当以民为本，使百姓安居乐业，方为社稷之幸。”刘肇在朝堂上郑重说道。
窦氏外戚专权已久，积弊甚深。亲政伊始，便着手整顿吏治。永元五年（公元 93 年），刘肇查出汝南太守贪污受贿，鱼肉百姓，数额巨大，高达数百万钱。其不仅贪污公款，还巧立名目，强征百姓赋税，致使民不聊生。
刘肇龙颜大怒，拍案而起：“此等贪官污吏，不除不足以平民愤！”遂下令严惩，将其革职查办，抄没家产，共计田地千余亩、房屋数百间、金银珠宝无数。
不仅如此，还将其家族中参与贪污的亲属依法惩处，流放边疆。但对于未曾参与贪污之事的无辜族人，刘肇网开一面，未加株连。此事一出，各地官员皆为之一震，贪污之风有所收敛。
永元六年（公元 94 年）颁布诏令，清查豪强地主非法侵占的土地，归还百姓。南阳有一大户，仗着与朝中权贵的关系，拒不交还土地。刘肇听闻，亲自过问此事，严词斥责：“朕以民为本，岂容尔等胡作非为！”最终，大户乖乖交出土地五千余亩，并被罚银万两，用于救济当地贫困百姓。百姓欢呼雀跃。
永元七年（公元 95 年），关中大旱，粮食歉收。刘肇当即派遣官员前往灾区，组织开仓赈济，并下令减免灾区赋税。同时，他还鼓励农民种植耐旱作物，推广新的灌溉技术。关中百姓得以渡过难关。此次开仓放粮，共发放粮食二十万石，救济灾民数万户。
永元九年（公元 97 年），西域都护班超之子班勇请兵出征，欲收复西域失地。刘肇在朝堂之上与群臣商议，有大臣认为劳师远征，耗费巨大。刘肇：“西域乃大汉疆土，不可丢弃。班勇忠勇可嘉，当予支持。”最终，班勇率军出征，成功收复西域。此次出征，耗费军粮十万担，兵马两万余人，历经数战，终于凯旋。
永元十年（公元 98 年），太学博士洼丹讲学不力，刘肇亲临太学视察时发现当场怒责：“教书育人乃国之根本，关系国家未来，汝这般敷衍，如何能培养出贤能之士？”随即下令将洼丹革职，并处罚俸半年。