皇太极以其聪明才智和卓越的领导能力，被委以重任。在这个阶段，皇太极开始接触政务和军事谋划决策，积累了丰富的政治和军事经验。他积极参与国家治理，为后金的稳定和发展贡献力量。同时，他也在这个过程中逐渐树立起自己的威望，为日后继承汗位奠定了基础。
皇太极继承汗位之初，战争繁多，内外冲突严重，中央权力分散。皇太极采取各个击破的手段，打击、削弱各方势力。
阿敏是努尔哈赤弟弟舒尔哈齐之子，为镶蓝旗旗主，是一位重要的军事将领。当时阿敏负责驻守永平府（今河北省卢龙县）、滦州（今河北省滦州市）、迁安（今河北省迁安市）等地。
明朝大将孙承宗督兵二十万进行反攻，阿敏面对明军的强大攻势，觉得后金军难以支撑，又担心自己陷入绝境，加上可能对局势判断失误等原因，便下令尽杀明朝降将，然后弃城撤兵。
皇太极抓住这个机会，以阿敏弃守四城的罪名，下令诸贝勒共议其罪。仅三天，诸臣便按皇太极的意思定了阿敏 16 条罪行，将其从摄政贝勒降为庶人再到奴隶，并终身幽禁。这一举措削弱了镶蓝旗的势力，让皇太极的汗位更加稳固，朝着加强中央集权迈出重要一步。
后金天聪五年（1631 年），莽古尔泰是努尔哈赤第五子，正蓝旗旗主。在攻打大凌河城时，莽古尔泰因攻城策略与皇太极发生口角，甚至拔刀相向。皇太极便以“御前露刃”之罪，革去莽古尔泰大贝勒衔，降为多罗贝勒。进一步削弱了三大贝勒的势力，使皇太极在集中权力的道路上又进了一步，为他日后独掌大权奠定基础。
阿敏和莽古尔泰在当时后金政权中地位重要，他们手握重权，对皇太极的统治构成挑战。皇太极极大地削弱了其他贝勒的势力，加强了自己的统治地位，推动了后金政权向封建化和中央集权发展。
后金天聪六年（1632年），废除与三大贝勒俱南面坐、共理政务的旧制，取得汗的独尊地位。
同时，皇太极效仿明制，建立国家机构取代八旗制度，逐渐将治理国家的权力集中到自己手中。
自后金天聪三年（1629年）起，建立由满汉文人组成的“文馆”，职掌“翻译汉字书籍”“记注本朝政事”。
后金天聪五年（1631年），设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，分掌国家行政事务；后金天聪十年（1636年），将“文馆”扩充为内国史院、内秘书院、内弘文院，统称“内三院”，随后建立都察院，改蒙古衙门为理藩院。重用汉臣。