康熙皇帝明白，若真让明珠谋反之罪坐实，那么整个明党都会受到牵连。而明党人数众多，全部处置后，朝堂动荡太大；且明党消失后，索党会一家独大，这也不符合康熙的利益。
于是，康熙为了维持朝堂势力的平衡，决定对纳兰明珠网开一面。康熙二十七年，御史郭琇上疏弹劾纳兰明珠。纳兰明珠在朝廷中利用权势卖官鬻爵，虽具体交易对象不详，但严重破坏了选官制度。
在河工事务上，虽不知具体工程名称，但他为维护自身利益设置障碍，可能通过克扣经费、干扰决策等方式致使工程进展缓慢；还提拔了一批亲信，虽具体人名未记载，但形成了庞大势力集团，在政务处理中相互呼应。
郭琇经过与正直官员交流、深入调查线索、走访相关人员以及对政务处理过程观察分析，掌握了足够证据弹劾纳兰明珠。
纳兰明珠被弹劾后出现重大转变。他未参与皇子夺嫡之争，不像索额图因参与皇子争储最终被处死。纳兰明珠深知支持皇子的风险，选择不插手，这让康熙认为他罪不至死。
他在朝廷中形成的势力与索额图为首的势力相互抗衡。当纳兰明珠被弹劾入狱，索额图欲置其于死地，康熙意识到若没有纳兰明珠制衡索额图，朝廷将被索额图掌控，会陷入混乱，所以为巩固统治不能杀纳兰明珠。
纳兰明珠虽有结党营私、贪污受贿等行为，但也为清朝立下三大奇功，在平定三藩之乱中提议撤藩并在平叛中发挥作用；在收复台湾问题上坚定主张收复且表现不凡；在沙俄之战中推荐的人发挥重要作用，谈判环节立场坚定。康熙认为他功大于过。
纳兰明珠的妻子是康熙的表姑，纳兰揆方娶了礼亲王的女儿，纳兰揆方的儿子还娶了康熙的孙女。这种与皇室的多层联姻关系，对纳兰家族在康熙朝的地位和发展有着重要意义。
纳兰家族在康熙时期经历了从权倾朝野到逐渐衰落的过程。在这 60 年间，这种变化与康熙朝政治局势、皇帝态度、家族自身行为等因素的关联，以展现一个家族在封建王朝政治风云中的兴衰历程。
最后，康熙给了纳兰明珠一个戴罪立功的机会，让他随自己西征葛尔丹。战事结束后，纳兰明珠得以官复原职，但此后二十年，他未再受重用，此后郁郁寡欢，纳兰明珠于康熙四十七年病故，享年 74 岁。葬于北京市海淀区上庄镇皂甲屯西。